Perusahaan ini memulai sejarahnya pada tahun 2007 saat Pelindo III membentuk Unit Perkapalan untuk menangani bisnis pemanduan dan penundaan kapal. Pada akhir bulan Desember 2011, Pelindo III pun menjadikan unit tersebut sebagai modal untuk mendirikan perusahaan ini. Pada tahun 2013, perusahaan ini berekspansi ke bisnis pengerukan, dengan proyek pengerukan pertama di Asam-Asam, Kalimantan Selatan.
Pada tahun 2021, Pelindo III digabung ke dalam Pelindo II, sehingga nama Pelindo II diubah menjadi Pelindo.[2][1] Pada awal tahun 2022, Pelindo resmi menyerahkan mayoritas saham perusahaan ini ke PT Pelindo Jasa Maritim sebagai bagian dari upaya untuk membentuk subholding di internal Pelindo yang bergerak di bidang pendukung operasional pelabuhan.[4] Pada bulan Desember 2023, perusahaan ini mulai mengoperasikan satu kapal unit kapal tunda milik PT Pelabuhan Dumai Berseri di Pelabuhan Dumai.[5]
