Jepang memiliki tiga tingkat pemerintahan: nasional, prefektur, dan munisipalitas. Negara tersebut memiliki 47 prefektur. Setiap prefektur memiliki sejumlah munisipalitas, dengan jumlah 1.719 buah (Januari 2013) [1]. Terdapat beberapa jenis munisipalitas di Jepang: kota, kotapraja, desa dan distrik kota khusus (ku dari Tokyo). Dalam bahasa Jepang, susunan ini dikenal sebagai shikuchōson (市区町村code: ja is deprecated ), dimana setiap kata dalam kanji merupakan salah satu dari empat jenis munisipalitas yang ada di Jepang.
Status munisipalitas sebuah desa, kotapraja atau kota, diputuskan oleh pemerintah prefektur. Pada umumnya, sebuah desa atau kotapraja dapat ditingkatkan statusnya menjadi kota ketika penduduknya telah mencapai lima puluh ribu jiwa, dan sebaliknya sebuah kota bisa saja diturunkan statusnya menjadi kotapraja ketika penduduknya mencapai angka dibawah lima puluh ribu jiwa. Kota dengan populasi penduduk paling sedikit di Jepang adalah Utashinai, Hokkaido, karena hanya memiliki penduduk sebanyak empat ribu jiwa, sementara kotapraja di prefektur yang sama, Otofuke, memiliki jumlah penduduk yang hampir mencapai empat puluh ribu penduduk.
Beberapa kota terpilih juga memiliki subdivisi administratif yang lebih berkembang, atau juga dikenal sebagai distrik kota. tetapi tidak seperti distrik kota istimewa di Tokyo. Distrik ini tidak sama dengan munisipalitas.