Klub ini didirikan pada tahun 1903 dengan nama AS Le Puy. Sejak didirikan, klub ini telah berganti nama beberapa kali. Pada tahun 1974, klub ini berganti nama menjadi CO Le Puy, dan 17 tahun kemudian berganti nama menjadi SCO Le Puy. Tahun berikutnya Le Puy berganti nama menjadi USF Le Puy, dan pada tahun 2009 bergabung dengan klub lokal lainnya, AS Taulhac, untuk membentuk klub yang ada saat ini.[1] Meskipun saat ini masih menjadi klub amatir, Le Puy sempat bermain di divisi profesional Ligue 2 dan bermain selama lima musim di liga tersebut selama tahun 1980-an.
Pada Piala Prancis 2023-24, Le Puy berhasil mencapai perempat final setelah mengalahkan klub Ligue 2 2023-24 Stade Lavallois dengan skor 2-1. Namun pada perempat final, Le Puy kalah dari klub Ligue 1 2023-24, Stade Rennais dengan skor 1-3.
