Karier sepak bolanya mulai melejit sejak bermain di kejuaraan Pekan Olahraga Daerah (Porda) Makassar, pada tahun 1997. Saat itu ia melesakkan gol penentu yang membawa timnya juara di partai final.
Isnan Ali kemudian bergabung dengan PT Telecom selama 2 tahun. Namun pada saat PT Telecom hendak berangkat ke sebuah kejuaraan nasional di Surabaya, Isnan dihadapkan oleh dua pilihan. Fahri Amiruddin (Mitra Kukar) menyarankan agar Isnan mewakili tim PRA-PON Banjarmasin untuk mendorong karier sepak bolanya. Isnan sempat diterpa dilema pilihan yang cukup berat. Namun pada akhirnya ia memutuskan untuk mewakili Banjarmasin di Pekan Olahraga Nasional.
Kesempatan ini membuka karier Isnan untuk bergabung dengan Barito Putera Banjarmasin pada tahun 1999. Selain masih muda, pada tahun pertamanya dengan Barito, tepatnya pada putaran ke-2 Liga, Isnan mulai bermain sebagai pemain inti. Bahkan pada tahun ke-2 bersama Barito Putera, Isnan dipanggil PSSI untuk bergabung bersama tim nasional Indonesia di kualifikasi Piala Dunia (2002) dan Sea Games Malaysia (2002). Isnan Ali kemudian bergabung dengan pasukan Rahmad Darmawan di Sriwijaya FC 2007.
Prestasi
Internasional
Indonesia
AFF Championship Runner-up: 2002
Karier internasional
Gol internasional
Per pertandingan yang dimainkan pada 11 September 2001.
Tabel kunci
Menunjukkan Indonesia menang dalam pertandingan
Menunjukkan pertandingan berakhir seri
Menunjukkan Indonesia kalah dalam pertandingan
Daftar gol internasional Isnan Ali untuk tim nasional Indonesia U-23
