1984-től a Magyar Tudományos Akadémia Művészettörténeti Kutatócsoportban, illetve annak jogutódjaiban dolgozik. Itt 2000-2011 között az Újkori Művészet Osztályt vezette, 2012-ben az intézmény mb. igazgatója, 2013-2016-ban igazgatója volt, jelenleg tudományos tanácsadója. 2011-től a Pécsi Tudományegyetem Műszaki és Informatikai Karának oktatója.
1995-ben a CASVA (Center for Advanced Study on the Visual Arts, Washington, D.C.) ösztöndíjasa. 1997-ben az École Pratiques des Hautes Études (Párizs) vendégoktatója.
1980-ban szerezte meg az egyetemi doktori, 1992-ben a kandidátusi fokozatot, 2006-ban az MTA doktora címet. 2011-ben lett habilitált doktor, 2012-ben egyetemi tanár. 1990-től az MTA Művészettörténeti (Tudományos) Bizottságának tagja.
2010-től 2016-ig a CIHA (Comité International d’Histoire de l’Art), 2012-től 2016-ig az UNESCO Magyar Nemzeti Bizottságának tagja. 2018-tól a Holnap Kiadó által megjelentetett Az építészet mesterei könyvsorozat sorozatszerkesztője,[2] az Acta Historiae Artium és az Ars Hungarica szerkesztőbizottsági tagja, 2001 és 2015 között a Centropa (New York) tanácsadó bizottságának a tagja.
Felesége Jánoska Éva távközlési mérnök. Házasságukból két gyermek, László (1985) és Júlia (1987) született.
Díjai, elismerései
Pasteiner Gyula emlékérem (1991)
Fitz József-díj (2006)
Antall József emlékdíj (2006)
A Magyar Érdemrend tisztikeresztje (2013) nemzetközileg is nagyra becsült építészettörténeti tudományos és kutatói munkássága, publikációs és oktatói tevékenysége elismeréseként
Szkalnitzky Antal. Egy építész a kiegyezés korabeli Magyarországon; Akadémiai Kiadó, Budapest, 1994
Magyarország építészetének története; szerk. Sisa József, Dora Wiebenson; Vince, Budapest, 1998
The Architecture of Historic Hungary; szerk. Dora Wiebenson, Sisa József; MIT Press, Cambridge–London, 1998
Fejér megye művészeti emlékei; szerk. Entz Géza Antal, Sisa József; MTA Művészettörténeti Kutató Intézet–Szent István Király Múzeum, Budapest–Székesfehérvár, 1998 (A Szent István Király Múzeum közleményei. A sorozat)
Budapest, Új Városháza; TKM Egyesület, Budapest, 1999 (Tájak, korok, múzeumok kiskönyvtára)
Csákvár, az Esterházy-kastély és park; TKM Egyesület, Budapest, 2000 (Tájak, korok, múzeumok kiskönyvtára)
Budapest, fasori evangélikus templom és gimnázium; TKM Egyesület, Budapest, 2000 (Tájak, korok, múzeumok kiskönyvtára)
Az Országház; fotó Tihanyi Bence, Bakos Ágnes; bev. Sisa József; Magyar Könyvklub, Budapest, 2001 (angolul is)
Nádasdladány, Nádasdy-kastély; TKM Egyesület, Budapest, 2001 (Tájak, korok, múzeumok kiskönyvtára)
A nádasdladányi Nádasdy-kastély; családfája összeáll. Gudenus János József; Műemlékek Állami Gondnoksága, Budapest, 2004 (Épített örökségünk)
Az Országház. Történelmi séta; szöveg Sisa József, fotó Tihanyi Bence, Bakos Ágnes; Corvina, Budapest, 2005 (angolul, németül is)
Steindl Imre; Holnap, Budapest, 2005 (Az építészet mesterei)
A dégi Festetics-kastély; Műemlékek Állami Gondnoksága, Budapest, 2005 (Épített örökségünk)
A magyar klasszicizmus; Corvina, Budapest, 2006 (Stílusok – korszakok)
Kastélyépítészet és kastélykultúra Magyarországon. A historizmus kora; Vince, Budapest, 2007
Korniss Péter–Szabó Péter: Országház; szöv. Sisa József; Slovart, Bratislava, 2008 + CD
A 19. századi magyar művészet – Építészet és iparművészet; szerk., MTA Bölcsészettutomány Kutatóközpont – Osiris Kiadó, Budapest, 2013
Lechner, az alkotó géniusz; Iparművészeti Múzeum–MTA BTK Művészettörténeti Intézet, Budapest, 2014 (angolul is)
A Magyar Tudományos Akadémia. Séta a székházban; szöv. Sisa József, fotó Hámori Péter; Corvina, Budapest, 2015 (angolul, németül is)
Motherland and Progress – Hungarian Architecture and Design 1800–1900; szerk., Birkhäuser Verlag, Bern, 2016
Az Országház építése és művészete; szerk. Országház Kiadó, Budapest, 2020
Jegyzetek
↑BnF-források (francia nyelven). (Hozzáférés: 2017. március 27.)
↑Rozsnyai, József. Meinig Arthur, Az építészet mesterei. Budapest: Holnap (2018). ISBN 978-963-349-219-2