Esztergom város vezetése 1896-ban telket ajánlott a városközpontban az Igazságügyi Minisztériumnak egy új igazságügyi székház építésére, viszont az Esztergomi Járásbírósági Fogház alapításáról csak 1900-ban született döntés, rendeltetésének 1903. október 1-jén adták át.
Az intézet történetéről az 1960-as évekig alig áll rendelkezésre értékelhető adat. Elnevezése: 1951-ig Esztergomi Járásbírósági Fogház, ezt követően Komárom Megyei Börtön, majd Komárom Megyei Büntetés-végrehajtási Intézet volt.
1967-ben a személyzet és az irodák számára új épület létesült, a körletépületet korszerűsítették és emelet ráépítéssel férőhelybővítésre került sor.
Sokáig az ország legzsúfoltabb börtöne volt. Volt olyan időszak, amikor az eredetileg 50 férőhelyes börtönt 336%-os telítettség jellemezte.
A börtön mellett álló bíróság tetőszerkezetét 2002-ben felújították. Az önkormányzat megvásárolta a szomszédos épület emeleti részét, amit összenyitott a bíróság szűkös épületével, így további 160 m² területhez jutott az intézmény. 2006-ra megvalósult a teljes felújítás. Megújult a homlokzat, az elektromos hálózat. A hivatalos tereket szétválasztották az ügyfélforgalmi terektől, elkészült az épület új szárnya. A félmilliárdos beruházás során az udvarban eddig ismeretlen műemlékeket találtak.