Chicagóban született és a kaliforniai Hermosa Beachen nevelkedett. Kezdetben a parti őrségnél szolgált, majd újságírást tanult Alex Haley-tól, a Gyökerek írójától. Flynn újságírói diplomát is szerzett a Kaliforniai Egyetemen (University of California, Los Angeles).[5] Ezt követően asszisztensként kezdett el dolgozni Robert Wise filmrendező mellett. Wise ekkor Robert Capáról folytatott kutatómunkát, tervben lévő, de végül soha el nem készült életrajzi filmjéhez. Flynn jól kijött a rendezővel, ezért a Odds Against Tomorrow című filmjének asszisztenseként dolgozhatott. Később több nagyobb hollywoodi produkció (A nap királyai, A nagy szökés, Melyik úton járjak?) másodrendezője lett. [6]
Az 1990-es években Flynn inkább tévéfilmeket rendezett. Utolsó filmje, a videóforgalmazásra készült A védelem bére volt Stephen Baldwinnal. A társaság és a Lone Star című filmjeinek forgatókönyvét is Flynn írta.
Élete utolsó néhány évét többnyire Franciaországban töltötte. 2007-ben álmában hunyt el Los Angeles-i otthonában.
Ez a szócikk részben vagy egészben a John Flynn (director) című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
