Az első győzelmet Tokugava Iejaszu aratta felettük 1564-ben saját birtokán, Azukizakában. 1571-ben Oda Nobunaga elpusztította a Hiei-hegyi templomukat, Enrjakudzsit, majd 1574-ben bekerített ikkó ikki lázadókra gyújtotta rá az épületeiket, 20 000-et megölve közülük. Végső, 1580-as vereségük is az ő nevéhez fűződik: felperzselte oszakai főtemplomukat, az Isijama Hongandzsit, és visszakergette őket Kiotóba. A dzsódo sin a parasztszolidaritást és -boldogítást hirdette, de a szektának is meg a gyakran lázadásai élére álló helyi földesuraknak (kokudzsin, a daimjók elődei) is igencsak világi céljaik voltak.
