François-Xavier Bustillo 1968. november 23-án született a navarrai Pamplonában, Spanyolországban[6] négy gyermek közül a legidősebbként.[7] A navarrai Baztan kisszemináriumába lépett be, majd belépett a minoriták rendjébe Padovában, Olaszországban, ahol filozófiai és teológiai tanulmányait az Istituto Teologico Sant'Antonio Dottore-ban végezte. A toulouse-i Katolikus Egyetemen 1997-ben teológiai licenciátust szerzett. Ferences fogadalmat 1992. szeptember 20-án tett és 1994. szeptember 10-én szentelték pappá.[6]
1994-ben egyike volt azoknak a ferenceseknek, akik újjáalapították az 1260-ban alapított és 1934-ben elhagyott Szent Bonaventura kolostort Narbonne-ban, Franciaországban. Küldetésük az volt, hogy evangelizálják a kereszténységtől megfosztott régiót.[7] 2006-tól 2018-ig a minoriták franciaországi és belgiumi tartományi kusztosa volt, 2005-től 2018-ig pedig a Carcassonne-Narbonne-i egyházmegyében végezte szolgálatát plébánosként, 2007-től 2018-ig az egyházmegyei tanács tagjaként, az egyházmegye egy régiójának püspöki helynökeként, 2012-től 2018-ig pedig az új lelkiségi mozgalmak és a vallásközi párbeszéd egyházmegyei küldöttjeként. 2018-től 2021-ig a franciaországi Lourdes-ban található Saint-Maximilien-Kolbe kolostor gondnoka.[6]
2021. május 11-én Ferenc pápa kinevezte őt az Ajacciói egyházmegye püspökévé.[6] Püspökké szentelte június 13-án az ajacciói székesegyházban Jean-Marc Aveline, Marseille érseke.[8]
2022 februárjában, miután a Paris-Match arról számolt be, hogy Bustillo az egyik vezető jelölt a párizsi érseki posztra, azt mondta, hogy nem keresték meg, és hogy nem egyházi gyakorlat, hogy egy püspököt ilyen hamar elmozdítsanak. Azt mondta, hogy ez „igazságtalan” lenne: „Párizsnak egy tapasztalt emberre van szüksége. Amit igazán szeretnék, az az, hogy itt legyek, önökkel és önökért.”[9]
2022 áprilisában Ferenc pápa Bustillo Tanúk, nem hivatalnokok című könyvének olasz nyelvű változatát adta át minden papnak, aki nagycsütörtökön részt vett a Szent Péter-bazilikában tartott krizmaszentelési-misén.[10]
2023 szeptemberében a Golias című francia katolikus folyóirat „Bustillo újbíboros különös barátai” címmel közölt riportot.[14] A vizsgálat fényt derít a Daniel-Marie Thevenet testvérnek tulajdonított karizmatikus és misztikus-lelki devianciákra. Bustillo bíboros különösen érintett ebben az ügyben, mivel Daniel-Marie Thevenet mellett ő a narbonne-i kolostorban működő rend három társalapítójának egyike. A magazin ezért sugallja, hogy a bíboros nem hagyhatta figyelmen kívül ezeket az eltéréseket, tekintettel a testvérrel való szoros kapcsolatára.
Továbbá a Golias szerint a közösség gondnoki megbízatása alatt a közösséghez tartozó ifjúsági csoport a polgárháború idején Szíriába utazott, a Bassár al-Aszad rezsim ellenőrzése alatt álló régiókba. Ezt az utazást az „SOS Chrétiens d’Orient” egyesület szervezte és népszerűsítette, egy olyan szervezet, amelyet az egyház már az utazás előtt is megkérdőjelezett.[15] A civil szervezet ellen emberiesség elleni bűncselekményekben és háborús bűnökben való bűnrészesség miatt indított előzetes vizsgálatot a francia Nemzeti Terrorizmusellenes Ügyészség.[15]