Az FC Carl Zeiss Jena német labdarúgóklub Jénában. Több névváltoztatás után (1917: 1. SV Jena, 1946: SG Ernst-Abbe Jena, 1948: SG Stadion Jena, 1949: BSG Carl Zeiss Jena, 1951: BSG Mechanik Jena, majd BSG Motor Jena, 1954: SC Motor Jena) 1966. január 20-án újraalapították az egyesületet FC Carl Zeiss Jena néven. A háromszoros NDK-bajnok (1963, 1968, 1970) egyesületnek 3605 tagja van. Az egyesület színei kék, sárga és fehér. A klub legnagyobb sikere 1981-ben a kupagyőztesek Európa-kupájának döntőjébe való bejutás volt, ahol 2–1 arányban alulmaradt a Dinamo Tbiliszivel szemben.
A német újraegyesítést követően a Jéna a másodosztályba került, ahol eleinte jó eredményeket ért el. Később hanyatlani kezdtek és az 1998–99-es szezonjuk elég gyengén sikerült, így a Regionalligában (harmadik osztály) kellett folytatniuk.
