Felvidéki nagybirtokos család sarja, édesapja báró[1] székesi Bercsényi Miklós dunán-inneni helyettes főkapitány, majd tábornok; édesanyja báró Maria Elisabeth von Rechberg. A nagyszombati egyetemen tanult, majd Esterházy Pálnádor oldalán kezdte katonai pályáját. 1685-ben Vágsellye kapitánya lett. 1686-ban Buda ostrománál kitüntette magát, ezredesi rangot kapott, majd Szeged vára és a hozzá tartozó véghelyek főkapitányává nevezték ki.
Bercsényi Miklós 1691-től Ung vármegyefőispánja, királyi tanácsos és bányavidéki vicegenerális, volt. 1696–98-ban az újonnan szervezett felső-magyarországi hadikommissariatus főkapitánya volt. 1697-ben a hadra kelt vármegyei nemességgel segítette letörni Tokaji Ferenchegyaljai fölkelését.
Az 1690-es években, a nemesi-rendi elégedetlenség fokozódása idején fokozatosan szembefordult I. Lipót császárabszolutizmusával és elnyomó politikájával.
1696-ban ismerkedett meg II. Rákóczi Ferenccel, akinek ettől fogva leghűbb barátja volt.
Politikai elképzeléseinek sikerült megnyernie a fiatal Rákóczit, s hozzákezdtek egy nemesi összeesküvés megszervezéséhez, hogy francia segítséggel megdöntsék a Habsburgok magyarországi uralmát. Amikor Rákóczit 1701. május 29-énSolari gróf és császári tábornok Sáros várában elfogta, Bercsényi Lengyelországba menekült, ahol előkészítette a felkelést. Előbb egyedül, majd Rákóczival együtt a XIV. Lajos francia király és XII. Károly svéd királyt akarta megnyerni a magyarországi felkelés támogatására.
1703 tavaszán, amikor a tiszaháti parasztok kezdeményezésére szabadságharc kezdődött, Bercsényi lengyel csapatok, valamint Moldvából toborzott zsoldosok élén jött Rákóczi segítségére és kezdettől fogva a szabadságharc második embere, a kuruc hadsereg főparancsnoka volt. Mivel jól értette a szláv nyelveket, a szabadságharc során több ízben is szerzett be Lengyelországból lengyel, illetőleg rutén zsoldosokat a kuruc hadseregbe.
A szabadságharc kezdetén a konföderált rendek generálisaként (A Tiszabecs–Tiszaújlak határában lezajlott első csata után Rákóczi tábornokká nevezte ki[2]) az 1703. évi győzedelmes felső-magyarországi hadjárat irányítója volt .
Politikai nézetei sokban különböztek Rákócziétól. Szűkebb térre igyekezett szorítani a protestáns köznemesség befolyását az államigazgatásban, s katonapolitikai, diplomáciai vitákba is keveredett a vezérlő fejedelemmel. Mindvégig kitartott azonban a konföderációra tett esküje mellett. Nyolc éven át szinte állandóan hadban forgott és hadat vezetett. Emellett a diplomáciában is a fejedelem egyik legbizalmasabb tanácsadója volt.
1705-ben a szövetkezett rendek főgenerálisa lett, a szenátus első tagja, 1706-ban a császárral folytatott nagyszombati béketárgyalásokon a kuruc küldöttség vezetője volt.
A szécsényi országgyűlésen az ő javaslata szerint alakult meg a rendi konföderáció, vagyis az elégedetlen rendek szövetsége, amely Rákóczit választotta vezérlő fejedelemmé (dux). Bercsényit ugyanakkor első világi szenátorrá választották, s bár főgenerálisi rangjáról külön törvénycikk nem született, az országgyűlés végzéseiben már ezzel a titulussal említik, s e minőségben írta alá a szeptember 20-ai szövetséglevelet is, közvetlenül a fejedelem után. (Külön törvénycikk hiányában Forgách Simon később elvitatta tőle a konföderáció főtábornoki címének jogszerű használatát.)
1707-ben fejedelmi helytartó lett és a VarsóbanI. Péter orosz cárral a Rákóczi lengyel királyságát tervező titkos szövetséget kötő delegáció feje volt. Ekkor és később is az inkább a svédek és franciák felé tekintő fejedelemmel szemben az orosz orientáció lelkes hívének mutatkozott.
A szerencsétlen kimenetelű trencséni ütközet után Szécsénynél szedte össze a kuruc hadak szétvert lovasságát, s a további hadjáratokban is vitézül harcolt. 1710-ben Lengyelországba indult az orosz segély szorgalmazása végett, de nem járt sikerrel.
A szatmári béke kedvezményeit nem fogadta el, s 1711 és 1716 között Lengyelországban, Bržan várában élt. 1716-ban a szultán meghívására a bujdosókkal Chotzinba, és az Al-Dunához, a nagyvezír táborába utazott, vele szövetkezett és 1717-ben 20 000 török harcossal beütött Magyarországra Orsovánál. MehádiátólFacsetig nyomult, de kénytelen volt visszavonulni, újabb felkelést nem tudott kieszközölni a Habsburgok ellen. Ugyanilyen kudarccal végződött egy másik támadás Erdélyben, ami utolsó tatárjárás néven híresült el a történelemben: a krími tatárokkal betört kurucok szintén Rákóczival fémjelzett támadással tettek kísérletet újabb kuruc szabadságharc megindítására, ám szövetségeseik kegyetlen pusztítása miatt nem lett semmi eredménye a tervnek.
Háromszor nősült, de gyermekei csak első feleségétől születtek. Első felesége homonnai Drugeth Krisztina (1659–1691) volt, gyermekeik:
László Ignác (1689–1778), Rákóczi testőrségének századosa, később Franciaország marsallja; neje Anne Catherine Girard de Wiet (1702–1766)
Zsuzsanna (1691–1745); férje zicsi és vázsonykői gróf Zichy Péter (1673–1726)
Második felesége Csáky Krisztina grófnő (1654–1723) volt, akivel később együtt vonult száműzetésbe, Rodostóba. Második feleségének halála után, 1723-ban harmadszor is megnősült. Kőszeghy Zsuzsannát, Mikes Kelemen szerelmét vette feleségül.
Bercsényi Miklós levelei Rákóczi fejedelemhez (Kiadta Thaly Kálmán, I-IV., Bp., 1875-79); Archivum Rákoczianum (I. oszt. IV-VII.)
Thaly Kálmán: A Bercsényi család (I-III, Bp., 1881-92)
Székesi gróf Bercsényi Miklós leveleskönyvei s más emlékezetre méltó iratai. 1705–1711; sajtó alá rend. Thaly Kálmán; Akadémia, Bp., 1882
Heckenast Gusztáv: A Rákóczi szabadságharc; Magyar Történelmi Társulat–Művelt Nép, Bp., 1953
Köpeczi Béla–Várkonyi Ágnes: II. Rákóczi Ferenc (Bp., 1955)
Bercsényi Miklós és kora. Történettudományi konferencia Hódmezővásárhelyen, 1993. október 8-9-én a Rákóczi-szabadságharc megindulásának 290. évfordulója alkalmából; szerk. Földesi Ferenc, Czeglédi Sándor; Hódmezővásárhely, Polgármesteri Hivatal, 1998
Csatáry György: Gróf Bercsényi Miklós levelei és emléke Ung vármegyében; Kárpátaljai Magyar Kulturális Szövetség, Ungvár, 2004 (Clio)
Bercsényi Miklós válogatott levelei; szerk. Köpeczi Béla; Balassi, Bp., 2004
Bercsényi Miklós és kora. Történettudományi konferencia Hódmezővásárhelyen, 1993. október 8-9-én a Rákóczi-szabadságharc megindulásának 290. évfordulója alkalmából; szerk. Földesi Ferenc, Czeglédi Sándor; Polgármesteri Hivatal, Hódmezővásárhely, 1998