Diplomájának megszerzése után a Szegedi Orvostudományi Egyetem Mikrobiológiai Intézetében kezdett el aspiránsként dolgozni. 1954-ben tanársegédi, 1955-ben adjunktusi, 1958-ban docensi kinevezést kapott. 1971-ben távozott az egyetemről, amikor a Magyar Tudományos Akadémia Szegedi Biológiai Központja Genetikai Intézetének igazgatója lett. 1978 és 1988 között egyben a Központ főigazgatója is volt. 1993-ban kutatóprofesszori megbízást kapott. 1994-ben a József Attila Tudományegyetem díszdoktora lett. 1956 és 1957 között a párizsi Pasteur Intézet, 1961 és 1962 között a berkeleyi Kaliforniai Egyetem Víruslaboratóriuma, 1964-ben pedig a Gif-sur-Yvette-i CNRS Enzimológiai Laboratórium vendégkutatója volt.
1955-ben védte meg az orvostudományok kandidátusi, 1972-ben pedig biológiai tudományok doktori értekezését. 1982-ben megválasztották az MTA levelező, 1990-ben pedig rendes tagjává. 1990 és 1995 között a tudományos köztestület elnökségének tagja volt. A Szegedi Akadémiai Bizottságban és a Genetikai Bizottságban dolgozott. A Theoretical and Applied Genetics, illetve a Biologisches Zentralblatt című tudományos szakfolyóiratok szerkesztőbizottságába is bekerült.
Munkássága
Kutatási területe a mikrobiális genetika volt. Első munkáiban Ivánovics György munkatársaként kidolgozta a B12-vitaminhoz kapcsolódó értékmérések és a nagy hatású B12-vitamint tartalmazó májkészítmények előállításának módszerét. Nevéhez fűződik a megacin, egy új bakteriocin leírása.
Az általa megfigyelt relaxációs E.colibaktériumtörzsekaminosav-érzékenységének eredetével foglalkozott, valamint elsőként írta le egy baktérium, a Bacillus megateriumprotoplaszt-fúzióját. A 2000-es években a baktérium karakterizációjával és megacintermelésének vizsgálatával foglalkozott.
Főbb publikációi
Tanulmányok nagy hatású vészes vérszegénység elleni májkészítmények előállítására (Ivánovics Györggyel, 1951)
Cloning and Characterization of the DNA Region Responsible for Megacin A-216 Production in „Bacillus megaterium” (társszerző, 2008)
Családja
Nős, házasságából egy leány- és egy fiúgyermek született. Testvére Alföldi László hidrogeológus.
Díjai, elismerései
Állami Díj (1985) – A mikrobiológia, a genetika terén elért eredményeiért, tudományos iskolateremtő és tudományszervező tevékenységéért. Megosztott díj: Ferenczy Lajossal és Venetianer Pállal.
Szegedi egyetemi almanach (1921-1996) II. köt. Szerk. Mikó Tivadar, Marton János, Farkas Gyula. Szeged : Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem, 1997. Alföldi Lajos ld. 27-28. p.