Tijekom svoje omladinske karijere igrao je za Žiar nad Hronom i Žilinu. Za potonji klub debitirao je 27. ožujka 2012. u utakmici Slovačke Superlige protiv kluba ViOn Zlaté Moravce. Istom je klubu zabio svoj prvi gol u dresu Žiline i to 23. studenog kada je Žilina pobijedila 4:1.[2]
Zlaté Moravce
U ožujku 2013. posuđen je do kraja sezone klubu protiv kojega je debitirao i zabio svoj prvi gol.
Sampdoria
Dana 29. siječnja 2016. Sampdoria je objavila kako je Škriniar potpisao ugovor na četiri i pol godine s njom.[3] Za novi klub debitirao je krajem travnja protiv Lazija.[4]
Inter Milan
Dana 7. srpnja 2017. Škriniar je potpisao petogodišnji ugovor s Inter Milanom.[5] Za Škriniara Inter je platio Sampdoriji oko 20 milijuna eura te joj besplatno dao Gianlucu Caprarija.[6] Tada je to bio najskuplji transfer nekog slovačkog nogometaša u povijesti.[7]
Za Inter je debitirao u ligaškoj utakmici protiv Fiorentine koju je Inter dobio 3:0.[8] Svoj prvi ligaški gol za Inter postiže 16. rujna u utakmici protiv Crotonea koja je završila 2:0.[9]
U UEFA Ligi prvaka debitirao je 18. rujna 2018. protiv Tottenham Hotspura koji je izgubio susret 2:1.[10] Dana 2. studenog 2019. u ligaškoj utakmici protiv Bologne koju je Inter pobijedio 2:1, Škriniar je upisao svoj 100. nastup za klub u svim natjecanjima. U svim tim utakmicama nalazio se u početnom sastavu.[11] Svoj prvi gol u UEFA Ligi prvaka postigao je 3. studenog 2021. kada je Sheriff Tiraspol poražen 1:3.[12]
Tijekom svoje omladinske reprezentativne karijere nastupao je za selekcije Slovačke do 17, 18, 19 i 21 godine. Za A selekciju Slovačke debitirao je protiv Gruzije 27. svibnja 2016.[16] Svoj prvi reprezentativni gol postigao je protiv Malte 27. ožujka 2021. u utakmici koja je završila 2:2.[17] Postao je kapetanom slovačke reprezentacije nakon što se Marek Hamšík umirovio 2022.[18]