Nakon što je završio studije teologije, povijesti i zemljopisa u Beču i Pragu, vratio se u Zagreb u doba buđenja nacionalne svijesti pod utjecajem ilirskog pokreta i Gajevih novina Danice ilirske. Tada se pokazala potreba da se u nastavi, umjesto njemačkog, uvede materinski jezik. Predavao je u Klasičnoj gimnaziji od 1850. do 1855. godine.[4] Kasnije je Mesić imenovan profesorom povijesti i posljednjim ravnateljem tadašnje Pravoslovne akademije, gdje se i sam zauzimao da hrvatski bude i nastavni jezik. U tom je smislu pisao znanstvene radove, prevodio neke od prvih školskih priručnika na hrvatskome jeziku te redigirao povijesnu dokumentacijsku građu. Napravio je kritičko izdanje Poljičkog statuta i Acte croaticeIvana Kukuljevića, sredio Krčelićevu korespondenciju i spise Stanka Vraza.
Nakon sloma apsolutizma i vraćanja Ustava godine 1860. hrvatski je Sabor pristupio osnivanju Svečilišta. Uz glavnoga pobornika Josipa Jurja Strossmayera i Matija Mesić mnogo je pridonio osnivanju sveučilišta na kojemu je "izabran jednoglasno od svih profesora triju fakulteta (Bogoslovnog, Mudroslovnog te Pravoslovnog i državoslovnog) prvim rektorom magnifikom za naučnu godinu 1874/75.".[5] Te je godine na Mudroslovnom fakultetu u zimskom semestru predavao Poviest Hrvata za vladanja narodne dinastije s obzirom na istodobnu poviest austrijsku i ugarsku, dok je u ljetnome semestru držao predavanja iz Poviesti Hrvata za vladanja kraljeva Arpadovaca s obzirom na austrijsku i ugarsku poviest. Akademske godine 1875./1876. i u mandatu rektora Stjepana Speveca izabran je za prorektora.[6] Oba rektora, i Mesić i Spevec, birani su prema "provedbenoj naredbi od 5. rujna 1874. po svim profesorima triju fakulteta, pošto izbor rektora nije bio još posebnim zakonom uređen".[7] Godinu kasnije, 26. kolovoza 1875., donesen je zakon o izboru rektora (temeljen na osnovi koju je izradio akademički senat), prema kojemu se rektor birao svake godine, svaki puta s nekog drugog fakulteta, i to u drugoj polovici pretposljednjeg mjeseca tekuće akademske godine. Kandidat za rektora mogao je biti samo redoviti profesor, a u izboru su sudjelovali predstavnici svih profesorskih zborova (po svakom fakultetu četiri delegata od kojih su dvojica morala biti u statusu redovitih profesora). Izabranoga rektora, koji bi na dužnost stupao osam dana prije početka nove akademske godine, na kraju je morao potvrditi i ban.
Uz pedagoški rad Matija Mesić i dalje se bavio znanstvenim proučavanjem hrvatske povijesti. Prvi je obradio cijela poglavlja i epohe, usustavljujući tako golemu građu. Njegov je doprinos hrvatskoj povijesnoj znanosti neprocjenjiv, jer se upravo Mesićevom zaslugom sačuvalo mnoštvo dokumenata iz starije hrvatske povijesti. Za AkademijinRad napisao je niz rasprava: O banovanju Petra Berislavića, O plemenu Berislavića, U slavu tisućgodišnjice krunidbe kralja Dmitra Zvonimira i druge. No, njegovim se glavnim djelom smatra Život Nikole Zrinskog, nastao 1866. godine, dotad najopsežniji i najkritičnije obrađen životopis u hrvatskoj povijesnoj literaturi. Mesićev život i rad opisao je i ocijenio njegov najbolji učenik Tadija Smičiklas, koji ga je i naslijedio na Sveučilištu kao profesor hrvatske povijesti.
Preminuo je u Zagrebu 8. prosinca 1878.[5][8] u dobi od 52 godine. Pokopan je na zagrebačkome groblju Mirogoj.
Mato Artuković (uredio), Matija Mesić, prvi rektor sveučilišta u Zagrebu : zbornik radova sa znanstvenog skupa o Matiji Mesiću u povodu 170. obljetnice njegova rođenja 1826.-1996, Hrvatski institut za povijest, Odjel za povijest Slavonije, Srijema i Baranje : Sveučilište u Zagrebu, Slavonski Brod : Zagreb, 1997. (336 str.), ISBN 9536002094[11]
↑Koprek, Ivan, Thesaurus Archigymnasii, Zbornik radova u prigodi 400. godišnjice Klasične gimnazije u Zagrebu (1607. – 2007.), Zagreb, 2007., str. 912., ISBN978-953-95772-0-7
↑Mesić, Matija, www.enciklopedija.hr, pristupljeno 17. prosinca 2021.
↑Koprek, Ivan, Thesaurus Archigymnasii, Zbornik radova u prigodi 400. godišnjice Klasične gimnazije u Zagrebu (1607. – 2007.), Zagreb, 2007., str. 896., ISBN978-953-95772-0-7
↑ abSpomenica o 25-godišnjem postojanju Sveučilišta Franje Josipa I. u Zagrebu. Zagreb : Tisak Kr. zemaljske tiskare, 1900. Str. 68.
↑Akademičke oblasti, osoblje i red predavanja na K. sveučilištu Franje Josipa u Zagrebu : u zimskom poluljeću 1875/76. Zagreb : Tiskara Dragutina Albrechta.
↑Spomenica o 25-godišnjem postojanju Sveučilišta Franje Josipa I. u Zagrebu. Zagreb : Tisak Kr. zemaljske tiskare, 1900. Str. 11.
↑Matija Mesić, Hrvati na izmaku srednjega vijeka : izabrane rasprave (priredio Damir Karbić), Hrvatski institut za povijest, Odjel za povijest Slavonije, Srijema i Baranje [etc.], Slavonski Brod, 1996. (431 str.), ISBN 9539701503
↑u: Tade Smičiklas i Franjo Marković, Matica hrvatska : od godine 1842. do godine 1892. : spomen-knjiga : sa dvanaest slika i jednim snimkom rukopisa, Matica hrvatska, Zagreb, 1892.