Nakon rata otišao je studirati u Englesku. Tamo je diplomirao pravo na Sveučilištu Cambridge. Tijekom boravka u Engleskoj, shvatio je da Englezi tijekom rata nisu bili sposobni obraniti Singapur od japanske okupacije, pa je zaključio da Singapur mora biti nezavisan. Kući se vratio 1949. godine.[3]
Počeo je baviti se politikom 1950-ih godina, zahtijevajući samoupravu i nezavisnost Singapura od britanske vlasti. Godine 1954. osnovao je nominalno socijalističku Stranku narodne akcije, kako bi na svoju stranu pridobio imućne prokomunističke Kineze.[4] Kada je Singapur dobio samoupravu godine 1959. njegova stranka je dobila izbore i Lee Kuan Yew postao je premijer.
Godine 1963., Singapur je postao dijelom Malezijske Federacije. Dvije godine kasnije, nakon etničkih sukoba između Malajaca i Kineza, Singapur i Malezija su se mirno rastali 9. kolovoza1965. Istog dana je proglašena Republika Singapur.
U sljedećih 25 godina, Singapur je pod Leejevim vodstvom postao industrijski divAzije i jedna od najprosperitetnijih država u svijetu. Tri stupa njegove politike činili su: nacionalna sigurnost, ekonomija i socijalna stabilnost. Kako bi ojačao suverenost i ugled Singapura u svijetu, Lee je promovirao politiku neutralnosti i nesvrstanosti. S druge strane, mnogi su mu zamjerali autoritarnu unutrašnju politiku.
Godine 1990. pažljivo je pripremio silazak s vlasti, ali je u budućim singapurskim vladama zadržao savjetodavnu ulogu u kabinetima Višeg ili Ministra mentora Singapura. Ovu posljednju funkciju napustio je 2011., i time se povukao iz političkog života Singapura.
Napisao je memoare u dva toma: „Priča o Singapuru“, koja obuhvaća povijest države do razlaza s Malezijom 1965. i „Od Trećeg svijeta do Prvog: priča o Singapuru“, koja opisuje njegov doprinos preobražaju Singapura u modernu naciju.