Samostan jeronimita je podignut na mjestu pustinje (svećenićke) Ermida do Restelo koju je osnovao Henrik Navigator oko 1450. godine. U toj pustinji je očajni Vasco da Gama proveo noć u molitvi prije putovanja za Indiju 1497. godine.
Postojeću građevinu dao je izgraditi Manuel I. Portugalski (1515. – 21.) kako bi obilježio uspješan povratak Vasca de Game iz Indije, te kao mauzolej vladarske obitelji Avis. No, uskoro je postala mjestom molitve svih moreplovaca koji su odlazili ili dolazili u luku. Izgradnja je započela 1502. godine i trajala je 50 godina. Korišten je lokalni zlaćani vapnenacpedra lioz, a financirana je porezom od 5% od trgovine začinima, osim papra, cimeta i klinčića jer su prihodi od ovih začina išli izravno kraljevskoj kući.
ArhitektDiogo de Boitaca (vjerojatno otac novog manuelinskog stila) je na taj način dobio velika sredstva i započeo je tako veliku građevinu da su radnici morali napustili gradnju samostana Batalha i posvetiti se samo ovoj građevini. On je izgradio crkvu, sakristiju i refektorij, a ostalo je dovršio Španjolac João de Castilho, koji je preuzeo gradnju 1517. godine i dovršio je u španjolskom renesansnompleterskom stilu. Izgradnja je obustavljena nakon kraljeve smrti 1521. godine, a nastavio ju je 1550. godine arhitekt Diogo de Torralva dodavanjem renesansne kapele, kora i dva kata samostanske kuće. Njegov rad nastavio je Jérôme de Rouen 1571. godine u klasičnom stilu, ali je obustavljen 1580. godine ujedinjenjem Portugala i Španjolske, nakon čega je španjolska povukla sva sredstva za izgradnju španjolskog dvora u El Escorialu.
Samostan je pretrpio manju štetu u velikom potresu 1755. godine, ali je počeo propadati nakon što su u Portugalu obustavljeni vjerski redovi 1833. godine. Pri obnovi u 19. stoljeću dodana je kupola na jugozapadnom tornju.
Samostan je ukrašen mnogim izvanrednim skulpturama od kojih su najljepše one na južnom i zapadnom portalu, te u unutrašnjosti klaustra. Južni portal, ulaz u crkvu, je ukrašen dekoriranim visokim zabatom, nišama sa skulpturama i filijalama, a okrunjen je kanopusom na kojemu je križ Kristova reda, dok je timpan ispunjen prizorima iz života sv. Jeronima i skulpturom Henrika Moreplovca. Zapadni portal, ulaz u klaustar, je ukrašen skulpturama Manuela I. i njegove druge žene, Marije Aragonske, a iznad vrata su prizori: Navještenje, Rođenja Krista i Poklonstvo mudraca.
Klaustar ima površinu od 55 m² i dva kata, donji ukrašen vitkim stupovima i manuelinskim peristilom, te gornji u skromnijem pleterskom stilu.
U samostanu se nalaze i Arheološki muzej, sa zbirkom koja prikazuje povijest Portugala od prapovijesti do rimskog doba, te Muzej pomorstva s izvanrednom zbirkom modela brodova iz različitih razdoblja.