Danski kraljErik Pomeranski je 1420-ih izgradio moćnu utvrdu kako bi kontrolirao promet tjesnacem i naplaćivao brodarinu svakom brodu koji je htio ući ili izaći iz Baltičkog mora. Utvrda iz 15. stoljeća se sastojala od niza zgrada okruženih snažnim zidinama, ali je današnji izgled, ali i ime Kronborg, dobio za kralja Fridrika II. Danskog koji ga je obnovio 1585. godine. Tada jedan od najvećih i najljepših dvoraca sjeverne Europe je nemarom radnika izgorio u plamenu 1629. godine. Samo je kapela preživjela zahvaljujući snazi svojih lukova.
Kristijan IV. Danski je uložio mnogo truda u njegovu obnovu 1639. godine, ali nije dovršio njegov interijer. Švedski general Carl Gustaf Wrangel je osvojio dvorac 1658. godine, prilikom švedske invazije, nakon čega su zidine ojačane i okružene snažnim protutopovskim bastionima. Početkom 18. stoljeća je smatran za jednu od najsnažnijih utvrda u Europi.
Od 1739. do 1900-ih, Kronborg je služio kao zatvor kojim je upravljala vojska, a 1772. godine tu je bila zatočena i danska kraljica, Karolina Matilda od Walesa, sestra engleskog kralja Đure III. Od 1785. do 1922. godine dvorac je prestao biti kraljevskom rezidencijom i njime je potpuno upravljala vojska.