Autor je više od 150 raznovrsnih radova iz arhivistike te iz povijesne, političke, pravne, gospodarske, etnološke i kulturne problematike zapadne Hrvatske, od srednjeg vijeka do 20. st.: Glagoljaš iz Orleca – borac protiv talijanizacije Cresa (1953.), Neki dokumenti o svećenstvu u Istri između dva rata (1955.), Privredno stanje Rijeke u doba Ilirije prema suvremenim izvještajima Trgovinske komore (1959.), Fragmeti Rašporskog urbara iz prve polovine 15. stoljeća (1960.), Mletačka eksploatacija istarskih šuma i obvezan prevoz drveta do luke kao specifičan državni porez od 15. do kraja 18. stoljeća.[4] Danilo Klen bio je i glavni urednik i suautor prve sinteze Povijest Rijeke pisane na hrvatskom jeziku. Bio je i suautor više studija o povijesti riječke industrije (Tvornica papira Rijeka iz1971., INA-Rafinerija Rijeka iz1972., 3. maj. Složena organizacija udruženog rada brodograđevne industrije Rijeka iz1984.).[5] Istraživanje i povijesne činjenice koje je otkrio bile su polazište za rekonstrukciju Trke na prstenac u Barbanu koja je 14. kolovoza1976. obnovljena te se od tada redovito održava u Barbanu u Istri.[6]
Njegova privatna biblioteka, njegov radni stol i stolica čuvaju se u riječkoj Gradskoj knjižnici kao Spomen zbirka dr. Danila Klena ('Klenova tiha soba'), a opsežna ostavština nalazi se u Državnom arhivu u Rijeci.[8]