שמורת ים האלמוגים היא שמורת טבע ימית, המשתרעת לאורך חופיה הדרומיים של אילת והיא השמורה הדרומית ביותר בישראל. השמורה הוכרזה ב-1 בנובמבר2009, ושטחה הוא כ-1293 דונם.
השמורה מקיפה את שמורת הים הדרומי באילת מצפון, מדרום וממזרח. צמד השמורות הזה הוא היחיד בגבולות המדינה שבו מצויות שוניות אלמוגים טרופיות. מצפון לשמורה נמצאת שמורת חוף אלמוגים.
שמורה כוללת שוניות אלמוגים הסמוכות לקו החוף, והיא הוכרזה כחלק מהמאמץ להגן על שוניות אלו.
