בשנת 1989, גוטר חתם ברות'רהאם יונייטד. בשנת 1993 הושאל לנוטס קאונטי בה רשם רק הופעה אחת ולאחר מכן חזר לרות'רהאם עקב בעיות באישורי עבודה. במדי רות'רהאם, רשם 86 שערים ב-262 הופעות בכל המסגרות, ואף זכה עמה בפרס הפוטבול ליג בשנת 1996.
בעונת 1995/1996, גוטר קיבל הצעות מאוססונה ומסווון סמסונג בלווינגס, אך לבסוף החליט להישאר באנגליה. בקיץ 1996, גוטר חתם בבריסטול סיטי תמורת 175 אלף פאונד. את הופעת הבכורה של גוטר בבריסטול סיטי ערך נגד גילינגהאם בו גם כבש את שער הבכורה שלו בקבוצה, אך בריסטול סיטי הפסידה 3–2. בעונת 1997/1998, גוטר נבחר לקבוצת העונה בליגה השנייה באנגליה.
מנצ'סטר סיטי
ב-26 במרץ1998, גוטר חתם במנצ'סטר סיטי, תמורת 400 אלף פאונד. עד לסיום העונה, גוטר הבקיע שלושה שערים, אך לא הצליח לסייע לקבוצה להישאר בליגה ולראשונה בתולדותיה ירדה לליגה השלישית. בעונה שלאחר מכן, גוטר כבש 21 שערים בליגה (מלך השערים של הקבוצה) והיה ממצטייני הקבוצה ובסיום העונה סיטי חזרה לליגה השנייה. גם בעונת 1999/2000, גוטר המשיך לבלוט במדי הסיטי, בעונה זו כבש 29 שערים ורשם עליית ליגה שנייה ברציפות עם הסיטי לפרמייר ליג.
בעונת 2001/2002, גוטר הפך לכדורגלן הראשון מזה 30 שנה שכובש יותר מ-30 שערים בעונה במדי הסיטי ובנוסף להיותו מלך שערי הקבוצה בפעם הרביעית ברציפות, הפעם גם היה מלך שערי הליגה השנייה באנגליה.
בפברואר 2003, גוטר כבש 9 שניות לאחר שעלה כמחליף במשחק הליגה נגד מנצ'סטר יונייטד, ובכך קבע שיא חדש בפרמייר ליג. במשחקו האחרון בקבוצה, ענד את סרט הקפטן.