מקורו של שם המדבר בשפה הצוואנית (אנ') במילה "קחאלאחאדי" שמשמעה "הצימאון הגדול".
אקלים
מדבר קלהארי מכוסה חול בצבע אדום חום, וברובו צומחת צמחייה ערבתית. כמות המשקעים הממוצעת בקלהארי היא מעל 250 מ"מ גשם בשנה, ועל כן רוב המדבר אינו מדבר אמיתי (למעט דרום מערב המדבר בו יורדים 175 מ"מ גשם בשנה). הטמפרטורות בקיץ נעות בין C° 20 ל-C° 40. בחורף, הטמפרטורות יורדות מתחת ל-C° 0.
התנאים הגאוגרפים של מדבר קלהארי, שהופכים אותו לשטח שאינו מתאים לחקלאות, גרמו לכך שבעוד בשטחים רבים אחרים של אפריקה הדרומית התפתחו בהדרגה התיישבויות חקלאיות ב-1,500 השנים האחרונות, נותר מדבר קלהארי שטחם של ציידים לקטים ששימרו מאפיינים תרבותיים עתיקים שאבדו במקומות אחרים[1].
בתקופה המודרנית, מדבר קלהארי הוא אזור מגורי הבושמנים. במדבר מתגוררים מספר רב של שבטים, שאין להם שם בו הם מכנים את עצמם. השם "בושמני" מקורו בשפה האנגלית (איש הערבה). בשפת הקחויקחוי נקראים תושבי האזור בשם "סאן" שמשמעו "אדם חיצוני" ובשפת ההררו הם נקראים "באסארווה" שמשמעו "אדם בלא כל רכוש". אנתרופולוגים משערים כי הבושמנים מתגוררים באזור זה ברציפות כציידים-לקטים למעלה מ-22,000 שנה, והיו בני האדם הראשונים שהתיישבו באזור.
בשנת 1961 הוקמה שמורת מרכז הקלהארי על מנת להגן על הבושמנים ומולדתם.
משאבים טבעיים
במדבר מצויים פחם, נחושת, ניקל ואורניום. כמו כן באזור אוראפה בצפון מזרח הקלהארי מצוי מכרה היהלומים הגדול בעולם.
יישוב מחדש של שבטים מקומיים
בשנת 2002 הכריחה ממשלת בוטסואנה את כל הבושמנים לעזוב את אדמותיהם ולעבור להתגורר במחנות שנבנו עבורם. ההצדקה שניתנה לכך הייתה שהדבר בוצע לשם שימור הטבע, על מנת לחסוך בעלויות אספקת המים לבושמנים וגם על מנת להביא את הציוויליזציה אל הבושמנים.
קבוצת שמירת הטבע הבינלאומית סורביבל אינטרנשיונל טוענת כי הסיבה האמיתית למיקום מחדש של הבושמנים הייתה לאפשר כרייה יותר נרחבת של יהלומים.
