בשנות התשעים התארח מספר פעמים כפרשן במשחקי הכדורגל האנגלי בערוץ הספורט לצד ידידו אבי מלר.
היה נשוי פעמיים. נישואיו הראשונים היו לשחקנית אירית אלטר (שלאחר גירושיהם נישאה לנפתלי אלטר). מנישואין אלה נולדה בתו שרון מוהר. בפעם השנייה נישא לוויוי מוהר צידון.
בשנה האחרונה לחייו התגלה כי חלה בסרטן הלבלב, אך הוא המשיך בעבודתו ולא נתן ביטוי ישיר כלשהו למחלתו. עם זאת, בחודשים האחרונים לחייו הרבה בראיונות, אף שבדרך כלל הקפיד להימנע מכך. הוא נפטר בביתו באזור ב-30 בנובמבר2006, והובא למנוחות בבית העלמין בחולון.
בספטמבר2007 שודר בערוץ 8 הסרט התיעודי "עלי מוהר, שחקן נשמה" בבימויו של דוד אופק. בסרט, אשר שודר במסגרת הסדרה "גיבורי תרבות" של הערוץ, מתועד מוהר בימיו האחרונים.
מוהר הרבה לעבוד במשותף עם יוני רכטר, שהיה למלחין הבולט ביותר של פזמוניו. מוהר כתב את המילים לשירי האלבומים "התכוונות" (1979), "בגובה העיניים" (1985), "מחשבות ואפשרויות" (1995) וכמה משירי "עוד סיפור" (2002). שיתוף הפעולה בין השניים הניב שירים ידועים כמו "העיקר זה הרומנטיקה", "שיר נבואי קוסמי עליז", "נגיעה אחת רכה",[6] "כל עוד" ו"יש אי־שם/תן לי יד".
רכטר ומוהר גם יצאו במסע הופעות משותף, בו רכטר ניגן בפסנתר ושר, ואילו מוהר קרא קטעים שכתב לטורו "מהנעשה בעירנו", שירים שלו ושל אביו וקטעים שנכתבו במיוחד למופע. לעיתים הצטרף עלי מוהר גם לשירה בהופעות ואף הקליט כמה משיריו באולפן - "תן לי יד" עם בתו שרון, "שיר נבואי קוסמי עליז" עם יוני רכטר וכן שירים נוספים שהוקלטו במהלך שנות התשעים אך לא יצאו לאור. מוהר הודה בחפץ לב כי "לא מדובר בזמר מאוד מאוד גדול", אך על מה שהחסיר במנעד פיצה בקסם אישי. נוסף על שיתוף פעולה זה, שיתפו השניים פעולה גם בכתיבת פזמונים להצגות רבות ובהן "עלילות מקס ומוריס", "המלחמה על הבית" (2002) ו"המצליחים" (2006).
מוהר כתב מספר שירים גם לאפרים שמיר, שביצע כמה משיריו באלבומו "רוקד לקול הבנות" (1983). השיר הבולט באלבום, "רוקד לקול הבנות", נפסל תחילה להשמעה ברשות השידור, כיוון ששמיר שגה והגה את המילה "לכל" בכ' דגושה במקום בכף רפויה. מפיצי השיר שינו את שמו מ"רוקד לכל הבנות" ל"רוקד לקול הבנות" ואפשרו את אישורו לשידור. מוהר ציין מקרה זה לא אחת בערגה, כדוגמה להקפדה על תקני הגייה ולשון שפסה מן העולם. שיתוף הפעולה החשוב ביותר בין השניים היה עקיף, כאשר נקרא מוהר להוסיף מילים ללחן ישן של שמיר. מוהר כתב את המילים בהשראת תמונה שהייתה תלויה בחדר האוכל בבית ספרו, בית החינוך ע"ש א"ד גורדון, ובה נראה האיכר האידאי מן המיתוסים של שנותיה הראשונות של המדינה. התוצאה הייתה השיר "שיעור מולדת", שהיה לאחד השירים הבולטים והמזוהים ביותר של להקת "כוורת".
מוהר כתב מילים גם לכמה מהשירים של גידי גוב, כ"שטח ההפקר", "העיקר זה הרומנטיקה", "יורם", שנכתב לזכר חברו יורם ביאלר שנהרג במלחמת ההתשה, ו"נגיעה אחת רכה". מוהר גם כתב מילים לכמה גרסאות עבריות לשירי הביטלס, אירווינג ברלין, טום ז'ובים ואחרים, שבוצעו על ידי גוב בתוכניתו "לילה גוב", בה גם שימש כתסריטאי.
שיתוף פעולה נוסף היה למוהר עם אריק איינשטיין, שביצע כמה משיריו. אחד מהם, "שיר השיירה" (מהאלבום "על גבול האור", 1987), היה, לדברי מוהר, ניסיון לכתוב שיר על המדינה ועל הציונות בהתלהבות שבה כתב אביו על אותם נושאים, התלהבות שאפיינה שלושים שנה קודם לכן את החברה בארץ ישראל. לדבריו, ידע שהשיר יתקבל בהרמת גבה בישראל של שנות השמונים.[7] שיר "נסיוני" אחר היה "שכשנבוא", שתמלל לפי לחן יווני עממי, בניסיון לבחון אם ניתן בכלל ליצור פולקלור בישראל.
שני שירים מוכרים אחרים בהם שיתפו פעולה השניים נגעו לאהבתם המשותפת לכדורגל. "ואלה שמות" הורכב משמותיהם של שחקני כדורגל שעמדו להשתתף במונדיאל של 1990, ואילו "אמרו לו", היה שיר אהבה מתנצל-מסביר על אהבתם המשותפת לקבוצת הכדורגל "הפועל תל אביב", על אף שאמרו להם ש"החולצה האדומה היא לא מציאה". בשנה האחרונה לחייו הספיק להשלים את עריכת הספר "זו אותה האהבה - אריק איינשטיין ביוגרפיה בראשי פרקים".
מוהר כתב את "בקצה ילדות", ו"ריח השדה" אשר עיבד גיל אלדמע, בבצוע אושיק לוי.
קטע מטור הספורט של עלי מוהר, "העיר", 14 באוקטובר 2004
בינואר 2012, במלאת שש שנים למותו, נערך בתיאטרון בית ליסין ערב מחווה לזכרו, בהפקת גלי צה"ל. בערב ביצעו אמנים איתם עבד מוהר ואחרים משיריו והוקראו מבחר מטוריו בעיתון. כמו כן בוצע בערב לראשונה שיר גנוז של מוהר, "הייתי", על ידי נורית גלרון.[9] כמו כן נערך בתיאטרון הקאמרי מופע מחווה משותף לעלי ולאביו יחיאל מוהר.[10]
אגודת היוצרים הישראליים אקו"ם מעניקה מדי שנה את פרס אקו"ם לעידוד פרסום היצירה למחבר על שמו של מוהר.
בעל טור
מוהר היה במשך כמעט ארבעים שנה כותב ובעל טור בעיתונים. בתחילת דרכו כתב בשבועון הצבאי "במחנה" ואחר־כך במשך שנים גם ב"דבר". עם הקמתו של השבועון התל אביבי "העיר", בשנת 1980, החל לפרסם בו את הטור השבועי "בשער", שעסק בענייני ספורט וכמה שנים מאוחר יותר, בשנת 1984, החל לכתוב טור שבועי נוסף, "מהנעשה בעירנו", שעסק בענייני דיומא בתל אביב.
בטור "בשער" נתן מוהר ביטוי לאהבתו לקבוצות העוטות חולצה אדומה: הפועל תל אביב ומנצ'סטר יונייטד, ואחריהן, בפער ניכר, עוטי חולצות אדומות אחרות. בטורו ברא מוהר מספר דמויות בדיוניות (פולמוסאי, בר קולמוסא, פול רנייה, ואחרים), שביטאו את דעתם של ציבורים שונים על הנושא. בשנים מאוחרות יותר הוסיף גם תחזית מנומקת לתוצאות פעלתנותן של הקבוצות האדומות בשבוע הקרוב - תחזית שהסתיימה תמיד בקביעה הבוטחת "נפרק אותם", שמשמעו, "ננצח 1:0 קטן".
בטור "מהנעשה בעירנו" עסק מוהר בכמה מאהבותיו הגדולות. ראשונה בהן הייתה העיר תל אביב. מוהר הרבה לעסוק באופייה החילוני והיומיומי של העיר, כשלעיתים הוא מגייס לצורך טיעוניו את זיכרונותיו מן העיר בימי קדם (שנות החמישים והשישים למאה העשרים) ואת המשורר האהוב עליו, נתן אלתרמן. אהבות אחרות שבהן הרבה לעסוק היו העיר פריז, אירלנד ואיי יוון, שבהם הרבה לבלות בחופשותיו. נושא אחר בו הרבה לעסוק היה השפה העברית, התפתחותה וחידושיה, עלייתן ונפילתן של מילים, התגלגלותם של ביטויים, ועוד. גישתו כאן, כבמקומות אחרים, נתנה ביטוי לעצב-נוסטלגי, מהול בהומור רך אך סרקסטי מאוד.
בטור "מהנעשה בעירנו" הקפיד מוהר לעסוק לא בענייני היום כי אם בענייני היומיום - שוטטות בעיר, הערות הנוגעות ב"ידידנו הכספומט" והנגועים במשיכת־יתר המתייחדים מולו כאל מול קונם, בנסיעות לחו"ל שאחריתן השיבה לישראל, ושאר זוטות, שתחת עטו הפכו מרתקות ומשעשעות. מוהר הגדיר את ייעודו של הטור כך: "בעמוד זה נעשה בדרך-כלל מאמץ עיקש לדבוק באותן זוטות שבמקומות אחרים (ופעם גם אצלנו) הן מרכיבות את מה שמכונה בהיסח הדעת בכינוי "החיים"... מי שמתעקש לדון דווקא באלה חש תחושת אשמה גדלה והולכת: על זה לכתוב? צעיפים, צמרות, חַלקוּתה המשוערת של איזו זרוע, ריח קלמנטינות, התחלה של חורף?.. העוד ישנם כל אלה? העוד מותר בלחש בשלומם לדרוש?" וזאת תוך ציטט מדבריו של נתן אלתרמן, המשורר החביב עליו. לעיתים, כמו בתקופת מלחמת המפרץ שבה הותקפה ישראל ותל אביב בפרט בטילים, פלשו המאורעות האקטואליים אל הטור, אך גם אז טופלו בהומור ותוך התמקדות בהשפעתם על חיי השגרה.
מקבץ מטוריו של מוהר שפורסמו בשבועון "העיר" בין השנים 1984 ו-1994. הטורים מובאים כאן בליווי איוריו של עמוס בידרמן שהיה המאייר הקבוע שלהם בעיתון.
פלוגה גימ"ל, מחלקה שלוש, רשימות ורישומים ממלחמת יום הכיפורים, עלי מוהר ודוד טרטקובר, הוצאת כנרת, 2003
הספר מכיל רשימות שכתב מוהר לצד רישומים של טרטקובר שנוצרו בעת שירותם המשותף במילואים בזמן מלחמת יום הכיפורים. הרשימות כמו הרישומים אינן מיליטנטיות כפי שניתן היה אולי לחשוב, אלא עוסקות בעקשנות עילאית דווקא באותם נושאים בהם עוסקת כתיבתו של מוהר בזמן האזרחות - יחסים עם אנשים, ארוחות צהריים וערב, סרטים, ספרים וכיוצא באלו. הרשימות הללו פורסמו בשעתן בעיתון "דבר".
"זו אותה האהבה / אריק איינשטיין, ביוגרפיה בראשי פרקים", עורך עֵלי מוהר, הוצאת דניאלה די-נור, 2006
עוד מהנעשה בעירנו, הוצאת עם עובד, 2016
התחזית: נפרק אותם, הוצאה מיוחדת עם מיטב טורי "בשער" לכבוד מאה שנות הפועל תל אביב. בעריכת אמיר דורון, עמית שכטר, אביעד צוק, אושריאל בן עמרם ואמיר יגל, 2024.[11]
^עלי מוהר ודוד טרטקובר, פלוגה גימ"ל, מחלקה שלוש, רשימות ורישומים ממלחמת יום הכיפורים, הוצאת כנרת, 2003, עמוד 9
^את השיר כתב מוהר במקור על עצמו ובלשון זכר, אך הוא שונה ללשון נקבה כשבוצע על ידי נורית גלרון. מוהר ציין במעט פליאה כי נשים רבות ציינו בפניו את השיר כביטוי להבנתו הדקה של גבר בתחושותיהן של נשים, והופתעו לשומעו לאחר שנים מבוצע בלשון זכר, כבמקור, מפי גידי גוב (באלבום "העיקר זה הרומנטיקה").
^"על הרצון לכתוב שיר מולדת", טור בעיתון "העיר", 29 באפריל 1998
