עונת 2006/2007 בליגה הלאומית הייתה העונה השמינית של הליגה הלאומית כליגה השנייה בחשיבותה בכדורגל בישראל. הליגה החלה ב-25 באוגוסט 2006 והסתיימה ב-26 במאי 2007.
על ניצחון במשחק הוענקו שלוש נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו.
הליגה כללה 12 קבוצות. העונה הסתיימה בניצחון של עירוני קריית שמונה שעלתה לעונת 2007/2008 לליגת העל לצד בני סכנין.
הפועל אשקלון, שהשתתפה בגמר גביע המדינה 2006/2007, והפועל ירושלים ירדו לליגה השלישית.
אוהד קדוסי מבני סכנין זכה בתואר מלך השערים של הליגה עם 22 כיבושים.
טבלת הליגה
קישורים חיצוניים