בשנת 1993 רכשה ניוקאסל יונייטד את הרפר מקבוצת נעוריו תמורת סכום סמלי. הרפר שימש כשוער המחליף בניוקאסל ועד מהרה הושאל למספר קבוצות בליגות המשנה. הרפר שיחק במשך שש השנים הללו ב-5 קבוצות שונות.
לבסוף, בשנת 1999 חזר הרפר לניוקאסל וערך את הופעת הבכורה בליגה הבכירה אך לרוב שימש כשוער מחליף לשי גיבן.
ב-2002 ערך הרפר מספר הופעות בליגת האלופות, כולל בניצחון 0–1 בשלב הבתים נגד יובנטוס באצטדיון סנט ג'יימס פארק, וסייע לניוקאסל להעפיל לשלב הבא.
ב-2009 חתם הרפר על חוזה לשלוש שנים בקבוצה, ולאחר עזיבתו של גיבן הפך לשוער הראשון של הקבוצה לאחר 16 שנים במועדון. ב-6 במרץ2010 ערך את הופעתו ה-50 ברציפות בניצחון 1–6 על בארנסלי. ב-23 במרץ 2010 שמר הרפר על שער נקי בפעם ה-19 באותה עונה בניצחון 0–1 על דונקסטר רוברס, ובכך שבר את שיא מספר המשחקים ללא ספיגה בעונה אחת, שיא שלא נשבר מאז עונת 1992/1993.
