ניקו נולדה בגרמניה בשם קריסטה פאפגן בקלן לוילהלם ומרגרטה "גרטה" פאפגן (לבית שולץ, 1910–1970).וילהלם נולד למשפחת מבשלות הבירה העשירה פאפגן קולש (Päffgen Kölsch) בקלן והיה קתולי, בעוד גרטה באה מרקע של מעמד נמוך והייתה פרוטסטנטית. כשניקו הייתה בת שנתיים, היא עברה עם אמה וסבה ליער שפריוואלד מחוץ לברלין כדי להימלט מהפצצות מלחמת העולם השנייה על קלן, אביה גויס לוורמכט ונהרג בשנת 1942 מפגיעת ירי בראש מצלף או בשל השלכות הלם קרב.
לאחר שעזבה את בית הספר בגיל 13, פנתה לדוגמנות. בראשית דרכה כדוגמנית פגשה בצלם אופנה אשר העניק לה את הכינוי שליווה אותה בכל דרכה המקצועית ניקו. השם ניתן לה בעקבות שמו של הקולנוען ניקו פפטקיס. קריירת הדוגמנות של ניקו שגשגה, והיא עזבה את ברלין ועברה לפריז שם דגמנה למגזיני האופנה המובילים של סוף שנות ה-50.
במהלך תקופה זו, פעלה כדוגמנית במספר מדינות שונות באירופה, ובכך רכשה שליטה במספר רב של שפות: גרמנית, אנגלית, איטלקית, ספרדית וצרפתית.
לאחר שהופיעה במספר פרסומות בטלוויזיה, החלה לקבל תפקידים בסרטי קולנוע, כשהבולט בהם הוא תפקידה בסרטו של פדריקו פלינילה דולצ'ה ויטה. בשלב זה, עזבה ניקו את אירופה ועברה לניו יורק במטרה ללמוד משחק. בשנת 1963 קיבלה ניקו את התפקיד הראשי בסרטו של ז'ק פוטרנד Strip-Tease, לו גם הקליטה את שיר הנושא אותו כתב המוזיקאי סרז' גינזבורג. במקביל הביאה לעולם את בנה ארי שנולד לה מהשחקן אלן דילון.
בשנת 1965 בעקבות היכרותה עם חבר להקת הרולינג סטונזבריאן ג'ונס, הקליטה את הסינגל "I'm Not Sayin'". זמן קצר לאחר מכן כתב עליה המוזיקאי בוב דילן את שירו "I'll Keep It With Mine".
באותה התקופה הצטרפה ניקו לחבורתו הססגונית של האמן אנדי וורהול ואיתו שיתפה פעולה במספר מסרטיו הניסיוניים. במקביל החלה להתערות בחברתם של חברי להקת מחתרת הקטיפה שפעלה מתוך חלל העבודה של וורהול, ויחד שיתפו פעולה בהופעותיהם, כשהם ניגנו על הבמה וורהול הקרין מסרטיו על חברי הלהקה והבמה. באלבום הבכורה של להקת מחתרת הקטיפה, The Velvet Underground and Nico, שיצא בשנת 1967, שרה ניקו שלושה סולואים, ובחלק מהשירים ביצעה קולות רקע.
לאחר סיום הפרויקט המשותף לניקו ולמחתרת הקטיפה, פרשה ניקו מהחבורה והחלה לפעול כזמרת עצמאית. כבר באותה שנה, הוציאה את אלבומה הראשון Chelsea Girl. אלבום זה בעל גוון אקוסטי כלל שירים מאת בוב דילן, ג'קסון בראון, טים הרדין וחברי להקת "מחתרת הקטיפה". ניקו סיפרה כי לא אהבה את התוצאה הסופית, ורצתה להוסיף עוד גיטרות ופחות מיתרים, אך חברת ההקלטה לא הסכימה.
שנתיים לאחר מכן, בשנת 1969, כתבה ניקו את כל שירי האלבום The Marble Index. את העיבודים לאלבום יצר חבר מחתרת הקטיפה ג'ון קייל.
בשנות ה-70, הקליטה ניקו שלושה אלבומים: Desertshore (1970), The End (1973), June 1, (1974). את כל שלושת האלבומים הפיק ג'ון קייל שגם השתתף בנגינה. באלבום Desertshore התארח המוזיקאי בריאן אינו.
בשנות ה-80, הקליטה ניקו שני אלבומים; את הראשון הוציאה בשנת 1981 Drama of Exile - אלבום ששילב מוזיקת רוק עם מקצב מזרח-תיכוני. אלבומה האחרון של ניקו יצא בשנת 1985 ונקרא Camera Obscura, אלבום זה כלל מוזיקה ניסיונית ברובה בעלת גוון ג'אזי ברובה.
ב-18 ביולי 1988, במהלך חופשה עם בנה ארי באיביזה, ניקו נפלה בזמן רכיבה על אופניים. נהג מונית שעבר באזור ומצא אותה חסרת הכרה ניסה לטפל בה ולקח אותה לבית חולים. בעקבות טעות באיבחון חשבו שמדובר בהתייבשות אך לאחר המוות נמצאו סימנים לדימום מוחי שנגרם בעקבות הנפילה.[1] ניקו נטמנה בבית הקברות בו גם נטמנה אמה בברלין שבגרמניה.
לאחר מותה הוצאו לאור מספר אלבומים המתעדים הופעות חיות וכן הקלטות שטרם ראו אור. כמו כן, הוצאו ביוגרפיות וסרטים תיעודיים על חייה וכן אתר אינטרנט פעיל.
מבנה ארי נולדו לה נכד ונכדה, בנה נפטר כתוצאה ממנת יתר בשנת 2023 בגיל 60.