משרד ההגנה (בארמנית: Հայաստանի պաշտպանության նախարարություն) הוא משרד בממשלה הארמנית, האחראי על יישום מדיניות הביטחון של ארמניה. בראשו עומד השר, חבר הממשלה. השר העומד בראש המשרד אחראי על ניהולם השוטף של הכוחות המזוינים של ארמניה, כמו גם על גיוסם בשעת הצורך. הוא מדווח ישירות לראש הממשלה ולנשיא המשמש כמפקד העליון של הכוחות המזוינים. ראש המטה הכללי מדווח ישירות לשר.
ב-5 בדצמבר 1991 הורתה ממשלת הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הארמנית על הקמת "ועדת ההגנה" בראשות ואזגן סרקיסיאן. ב-28 בינואר 1992 הפכה הוועדה ל"משרד ההגנה". סרקסיאן הפך לשר ההגנה הראשון של ארמניה.
סורן פפיקיאן ממפלגת החוזה האזרחי מכהן כשר ההגנה מאז 15 בנובמבר 2021.
