ב-1912 נבחר לנשיאה השלישי של קובה, לאחר קדנציה אחת בה כיהן בתפקיד חוסה מיגל גומס מהמפלגה הליברלית. מנוקל הנהיג מדיניות כלכלית שנועדה לתמוך בתאגידים ובעסקים, וחרף ביקורת ומאבק צמוד עם המפלגה הליברלית, ניצח גם בבחירות שנערכו ב-1916. ב-7 באפריל1917 הכריז מנוקל מלחמה על גרמניה, יום לאחר שעשתה זאת ארצות הברית. קובה אמנם לא נטלה חלק פעיל במלחמת העולם השנייה, אך שימשה כבסיס למלחמה בצוללות הגרמניות שאיימו על איי הודו המערבית.
ב-1924 ניסה מנוקל להתמודד שוב על נשיאות המדינה, אך הפסיד לחרארדו מצ'אדו מהמפלגה הליברלית. ב-1931 היה מעורב בניסיון הפיכה כושל נגד מצ'אדו, שבעקבותיו הוגלה לארצות הברית. עם שובו לקובה, ב-1936, ניסה שוב להתמודד על משרת הנשיא, אך הפסיד למיגל מריאנו גומס.
