במהלך המאה ה-14 המוקדמת, מגפת המוות השחור פגעה קשות בשושלת יואן וסדרה של אסונות טבע כגון הצפות של נהר היאנגצה הביאו לכך שהחלו מרידות נגד השלטון המונגולי. בסין, הלגיטימציה לקיסר ניתנה בידי מנדט השמיים, לפיו ישנה תמיכה אלוהית בקיסר השולט. אסונות הטבע שנחשבו כמעשה שמיים פגעו בלגיטימציה של השלטון המונגולי בפני העם.
צבא יואן
הפיקוד העליון היה בידי הקיסר (כגן), אך המוסד הניהולי הביצועי בנוגע לצבא שושלת יואן היה הלשכה לענייני צבא. הלשכה ניהלה את כל מסדר החיילים, החל מהשומרים הקיסרים וכלה במוצבים באזורים הרחוקים. ראש הלשכה נקרא מנהל הלשכה, וסגנו קיבל את התואר סגן נציב לענייני צבא. צוותם כלל עוזרים אדמיניסטרטיביים, יועצים רשמים, מנהלי משרדים ובעלי תפקידים רבים אחרים. במהלך מסעות צבאיים, הקיסר נתמך או יוצג על ידי השר הגדול לענייני צבא, אשר פיקד על צוות שנקרא הלשכה הניידת לעניינים צבאיים.
מגויסים לכוחות המונגוליים נבחרו בקרב גברים בין הגילאים 15 ל-70. מערכת היחידות הצבאיות התבססה על המנהג המונגולי הקדום, עשרה חיילים שהקימו חוליה בפיקודו של מנהיג החוליה, עשר חוליות שמרכיבות פלוגה, עשר פלוגות בריגדה, ועשר בריגדות הרכיבו דיוויזיה. בפועל, מספר הכוחות ביחידות כאלה חרג מהמודל האידיאלי הזה. כל הכוחות המונגוליים הללו היו מצוידים בסוסים וכמעט כולם היו בפועל פרשים. בתקופת שלום, חיילים היו אמורים לגדל את הסוסים עליהם רכבו. מערכת הגיוס לא הביאה בחשבון את גודל המשפחה או עושרה; שירות בצבא הייתה חובה על כל הצעירים המונגולים. בעשורים מאוחרים יותר, הצורך במתגייסים חדשים הצריך לגייס גם אנשי סמורן (סוחרים שהתיישבו בסין בדרך המשי).
מבין כל סוגי הכוחות, רובם השתייכו ליחידות פרשים או יחידות חי"ר. יחידות קטנות יותר התמחו בארטילריה, חץ וקשת או הנדסת תותחים. יחידות התותחנים כללו אויגורים או אסייתים שהיו מומחים בעבודות מתכת. הם שימשו באופן בלעדי לסבסוד מצור על ערים. הקשתים המונגוליים היו מצוידים גם באקדח וחרב. יחידות השמירה הקיסריות כללו בריגדות קשתים ושומרים סינים מהחי"ר.
ארגוני מחתרת סינים
הגדול בארגוני המחתרת הסינים שהתנגדו לשלטון שושלת יואן וקראו לעליית שושלת של בני האן היה ארגון "הלוטוס הלבן". הלוטוס הלבן הייתה אחווה סינית סודית של אינטלקטואלים בודהיסטים אשר כללה סניף צבאי בשם "המצנפת האדומה". מרכזי הפעולה של המצנפת האדומה מוקמו בדלתה של נהר היאנגצה. בשנת 1356 מנהיג המצנפת האדומה גְווֹ דְזְה-שִׂינְג נכלא והוצא להורג בידי ממשל שושלת יואן וחתנו, ג'וּ יְוֵּאנְגָ'אנְג החליף אותו.
המצנפת האדומה הייתה רק אחת מבין קבוצות מורדים בני האן בסין, היא אורגנה ברובה מתומכים של שושלת סונג לשעבר. ארגונים שונים כללו את אחוות טְײֵן-װַאן, צֶ'ן-הַאן, מִינְג-שְׂיַה ודַּה-ג'וֹאוּ. מלבד אלו היו אילי מלחמה ששלטו באזורים מחוזיים ומתחת לשולחן תמכו בארגונים להפלת שושלת יואן וכמוהם היו גם ארגונים מוסלמים, אנטי-מונגולים, רובם מפֿוּגְ׳יֵין. מגפת המוות השחור הייתה האירוע המרכזי ביותר שהביא לעלייה גבוהה בכמות החברים באחוות הסודיות וכמות המתנגדים לשלטון שושלת יואן. המגפה הביאה למותם של שניים מכל שלושה סינים והאמונה כי לשושלת יואן הלגיטימציה למנדט השמיים התערערה לגמרי בפי החברה הכללית.
מרידות המצנפת האדומה החלו תחילה בחופי גֶ'גְ'יאנְג, כאשר סיני בן האן בשם פאנג גוז'ן ואנשיו תקפו קבוצת פקידים בשירות יואן. לאחר מכן, הלוטוס הלבן, בראשות הַאן שַׁאן-טונְג, עם מרכז פעילות מצפון לנהר הצהוב, הפכו למנהיגי האופוזיציה לשלטון המונגולי הודות ליכולתם להוות אלטרנטיבה לשלטון יואן.
בשנת 1351 תכננו הלוטוס הלבן מרד מזוין, אך התוכנית נחשפה והַאן שַׁאן-טונְג נעצר והוצא להורג על ידי ממשלת יואן. לאחר מותו, לְיוֹ פּוֹ-טוּנג, חבר בולט בלוטוס הלבן, סייע לבנו של האן, הַאן לִי-נֶר, לרשת את אביו ולהקים מתומכיהם את צבא המצנפת האדומה. זמן קצר לאחר שהחל המרד מצפון לנהר הצהוב החלו המצנפת האדומה וארגונים דומים במרידות משלהם לאורכי נהר היאנגצה.
עליית ג'ו
בשנת 1356 כבש ג'ו בראש צבאו את העיר נאנג'ינג (הבירה הדרומית) והפך אותה לבסיסו הצבאי. בשנת 1361 הוא העניק לעצמו את התואר "דוכס וו" והוכיח את כוונתו להקים שושלת משלו. בתחילה, הוא תמך באופן סמלי בהַאן לִי-נֶר במטרה לייצב את גבולו הצפוני עם צבא הלוטוס הלבן.
בשנת 1363 ג'ו הביס את יריבו צ'ן יוליאנג בקרב על אגם פויאנג, במחוז גְ'יָאנְגְשִׂי. היה זה אחד מקרבות הים הגדולים ביותר בהיסטוריה העולמית ויותר מעשרה אחוזים מכלל הצי הימי של יואן (אשר נלקח בידי ארגוני המורדים) הושמד. צ'ן היה מנהיג צבא המצנפת הדרומית, ושלט באזור מרכז נהר היאנגצה. צבא המצנפת האדומה תחת ג'ו שלט עם הניצחון בקרב בכל מערב היאנגצה, והביס את יריביו החזקים ביותר, ג'אנג שיצ'נג, שהיה לו בסיס בסוג'ואו והתאבד כשנלכד והובא לנאנג'ינג; ופאנג גוז'ן, שהביע את מחויבותו ושבועתו לג'ו לאחר תבוסה.
כשהגיע לדלתא היאנגצה, הגיע ג'ו במגע עם מלומדים וקונפוציאנים משכילים, מהם קיבל השכלה בתולדות השפה הסינית, בהיסטוריה הסינית ובקלסיקות הקונפוציאניות. חלקם הפכו ליועציו לענייני מדינה. ג'ו הקים ממשל מקומי יעיל, בשיתוף עם הארגון הצבאי שלו, שתמך בהרחבת תחומי משטרו. ג'ו נטש את חינוכו הבודהיסטי ומיצב עצמו כמגן על המוסכמות הקונפוציאניות והנאו-קונפוציאניות, ולא רק כמורד עממי. למרות מוצאו הצנוע, הוא התגלה כמנהיג לאומי נגד שושלת יואן הקורסת. בקריאה למהפכה גזעית להפיל את המונגולים ולהשיב את הסינים בני ההאן לכוח, ג'ו זכה לתמיכה עממית.
הכריזמה של ג'ו משכה אליה תומכים מוכשרים מכל רחבי סין, כמו המנהיג הצבאי ג'ו שנג, שזכור הודות למנטרה שלו: "בנה חומות גבוהות, מלאי מנות, ואל תמהר לקרוא לעצמך מלך." ג'ו מנהיג המורדים פעל לפי עצה זו והחליט להכניע את קבוצות המורדים הקטנות והחלשות יותר בדרום סין לפני שפנה נגד המונגולים.
נפילת יואן
בשנת 1354, כאשר הוביל הגנרל המונגולי טוֹקְטוּאַה צבא גדול להפיל את מורדי המצנפת האדומה, הוא פוטר בהוראת הקיסר טוגון טימור אשר חשש מכך שטוקטואה יבגוד בו ויעביר את הטובים והמיומנים ביותר שבצבא יואן לשליטת המורדים. פעולה זאת הביאה להשבת כוחו של טוגון טימור, אך גם להיחלשות מהירה של השלטון המרכזי. לפיכך לא הייתה לו ברירה אלא להסתמך על כוחותיהם של אילי מלחמה מקומיים.
בלקיחת הצי של שושלת יואן שלחו כוחות המצנפת האדומה פשיטות ממושכות על ערי החוף הצפוניות בשליטת המונגולים. בנקודה זאת חצי האי הקוריאני נשלט בידי שושלת גוריו, מדינת חסות של שושלת יואן. המורדים תחת ג'ו שלחו כוח פלישה מרכזי לתוך קוריאה, כבשו את סיאול והכניעו את המלוכה הקוריאנית כדי שתישאר נאמנה לשלטונם ולא ליואן. בהמשך כוחות יואן נקראו למאבק נגד המורדים מגבולות האימפריה ובכך הפכה טיבט לעצמאית לגמרי. פשיטות על ערי החוף וכיבוש שטחים עלו למשטר המונגולי בכספים רבים ובכוח אדם אשר היה חסר להם בכל מקרה.
עם הכיבוש של יוּנַּאן בידי המצנפת האדומה איבדו המונגולים את כלל שליטתם על דרום האימפריה. בשנת 1368, לאחר התקדמות ממושכת צפונה כבשו כוחות המצנפת האדומה את חאנאבליק (כיום בייג'ינג), בירת שושלת יואן. הקיסר טוגון טימור נס על נפשו צפונה והכוחות המונגולים פעלו להסתדר מחדש בערבה האסייתית. ג'ו, כעת חונגוו, קיסר סין, הקים את שושלת מינג, החל בגירוש מונגולים מסין והסדיר מחדש מערכת מנהל, סדר מעמדות, צבא ועוד.
עם הזמן נפלו לגמרי כל כוחות המורדים השונות מרחבי סין ושושלת מינג הסדירה את כוחה כשליטת סין. בשביל להגן על הגבול הצפוני מפני המונגולים אשר אורגנו מחדש לתוך שושלת יואן הצפונית, שליטי מינג בהמשך לפועלו של הקיסר חונגוו הקימו צבא חי"ר מהגדולים בהיסטוריה והביאו את החומה הגדולה של סין לשיא גודלה ההיסטורי כדי למנוע כל פלישה ואו פשיטה אפשרית מצפון.
השפעות
לאורך כל שנות קיומה של שושלת מינג נותרה שושלת יואן הצפונית לגבולה, מלבד יונגלה, קיסר סין השלישי משושלת מינג לא היה עוד שליט בשושלת שלחם כדי לכבוש את אדמות המונגולים. שיבת המשטר הסיני של בני ההאן סימנה את סיום ההשפעה והדומיננטיות המונגולית על מזרח אסיה כפי שהיה מאז כיבושיה של האימפריה המונגולית. שלטון מינג ברובו התנגד להתפתחות ההשפעה והסמכות הסינית ובתקופתו הסחר בדרך המשי ירד בתפוקתו.
השלטון המונגולי האדיר את השנאה של בני ההאן לזרים כפי שהייתה עוד מאז מרד אן לושאן. שנאה זאת הייתה מבין הגורמים לסגירת השערים של סין בפני סוחרים שהגיעו מאוחר יותר מאירופה והביאו בסופו של דבר לאי פיתוח כמערב ולנפילת סין במהלך מאה שנות ההשפלה. משטר מינג נותר חזק ויציב מספר מאות שנים אך לבסוף התערער עקב בעיות במדיניות הפנים ונפל לכיבושיה של שושלת צ'ינג במהלך מלחמת מינג–צ'ינג.
