המִנְהָלָה היא מלכ"ר שנוסד בשנת 2002 ביוזמת קבוצות ליגת העל בכדורסל אשר בחרו להקים ארגון עצמאי משלהם כדי שיפקח ויסדיר את הארגון, הפיתוח והניהול של הליגה, במקום איגוד הכדורסל בישראל. מנהלת הליגה מורכבת מ-13 חברי דירקטוריון ובראשם עומד ארי שטיינברג. עשרה מחברי הדירקטוריון הם יושבי הראש והבעלים של קבוצות ליגת העל בכדורסל, בנוסף לשלושה חברי הדירקטוריון שחברים גם באיגוד הכדורסל.
מנהלת הליגה חברה בארגון היול"ב משנת 2005, ולוקחת חלק פעיל בכל פעילויותיו של היול"ב. מנהלת הליגה עוזרת בתיאום וארגון משחקי הקבוצות הישראליות במפעלים האירופיים – היורוליג והיורוקאפ.
ב-28 בדצמבר 2015 הודיע יו"ר מכבי תל אביבשמעון מזרחי על פרישתו מדירקטוריון מנהלת ליגת העל בכדורסל ועל פרישתה של מכבי תל אביב מהמנהלה. הסיבות שהובילו למהלך הן שורת החלטות לא ספורטיביות שנעשו כדי לפגוע במכבי תל אביב והשתלטותן של כמה קבוצות על הצבעות הדירקטוריון והטייתן לרעת הקבוצות הבכירות, כך לטענת מכבי תל אביב, כל זאת על רקע העברת חוק המתאזרחים אשר מונע מקבוצה להחזיק בסגל השחקנים שלה יותר ממתאזרח אחד.[1]
במאי 2018 השבית ארגון שחקני הכדורסל את משחקי המחזור בליגת העל במחאה על רצונה של מנהלת הליגה לבטל את החוק הרוסי, המחייב מספר שחקנים ישראלים מינימלי בחמישייה המשחקת. לאחר שהמגעים בין ארגון השחקנים למנהלת הליגה לא הבשילו לכלל הסכם, הודיעה המנהלה כי הליגה הסתיימה לפני מועד סיומה הרשמי, ללא הכרזה על אלופה, בסופו של דבר נחתם הסכם בין הארגון השחקנים למנהלת והליגה חזרה.[2]
