מיכאל לא היה מקושר בדמו לשושלת הניקפורוסית אשר שלטה על האימפריה הביזנטית אך נישא לפרוקפיה, בתו של ניקפורוס הראשון, קיסר האימפריה הביזנטית. ניקפורוס הראשון יצא בשנת 811 למלחמה נגד האימפריה הבולגרית הראשונה. הבולגרים בהנהגתו של קרום, ח'אן בולגריה, הכו בביזנטים קשות. הקיסר ניקפורוס נהרג ובנו ויורשו סטאוראקיוס, אשר הוכתר במותו של ניקפורוס, נפצע קשות במהלך הקרב ולא היה מסוגל לנהל את האימפריה. באוקטובר 811, מספר מצביאים רבי השפעה בשורות הצבא הביזנטי, ביצעו הפיכה צבאית נגד סטראורקיוס ומינו את מיכאל במקומו. מיכאל הוכר בתור קיסר האימפריה הביזנטית בידי ניקפורוס הראשון, פטריארך קונסטנטינופול, דבר שטרם ללגיטימציה של שלטונו מחד וחיזק את השפעת הכנסייה על הממשל מאידך.
מיכאל הכיר בקרל הגדול, קיסר האימפריה הפרנקית, כנושא בתואר "קיסר הרומאים", ובתמורה הכיר קרל בבעלות הביזנטים על העיר ונציה ומספר ערים נוספות על חופי הים האדריאטי. מיכאל חיזק את המעמד של מוסדות הדת ולא החשיב זמן רב למנהל הצבא הביזנטי. היחלשות הצבא הביזנטי אפשרה את המשך ההתקדמות הצבאית של הבולגרים שכן המלחמה בינם לבין הביזנטים לא הגיעה להסדר. בשנת 812 התרחשה קונספרציה שהתקיים קשר כושל להתנקש בחייו של מיכאל ולהחליפו בבנו של קונסטנטינוס החמישי, קיסר האימפריה הביזנטית. תומכי האיקונוקלאזם הואשמו בהנהגת הקשר והחלה כפייה מחודשת של הכנסייה המזרחית נגד האיקונים, אותם החשיבו כעבודות אלילים. פועל הכנסייה המזרחית נגד האיקונים הביא להחרפת הפילוג בכנסייה הנוצרית.
באותה השנה הציע קרום, ח'אן בולגריה להגיע להסדר במלחמה עם הביזנטים. התנאים שדרש לא היו מקובלים על הממשל הביזנטי ובתמיכת יועציו החליט מיכאל שלא להמשיך את המשא ומתן. בתגובה הנהיג קרום הסלמה מחודשת של המלחמה כאשר החל לכבוש ערים בעומק תראקיה ואיים על הבירה הביזנטית קונסטנטינופול. ביוני 813 נפלה העיר אדריאנופול לאחר שכוחות הצבא הביזנטי תחת פיקודו של הגנרל לאון הארמני, ערקו משורות הצבא בקרב. עם התקרבותם של הבולגרים אל קונסטנטינופול, מיכאל פרש מהקיסרות ויצא לחיי נזירות באיי הנסיכים. לאון הארמני ירש את הכתר אחרי מיכאל בתור לאון החמישי, קיסר האימפריה הביזנטית. מיכאל המשיך בחיי הנזירות עד לפטירתו בשנת 844. הקיסרים הביזנטים שעלו וירדו לא ראו בוא איום לכתרם וכיבדו את שבועתו לחיי הדת.
