המדינה נולדה בשל מחלוקות פוליטיות ומתחים בין השלטונות בעיר הבירה גואטמלה סיטי לבין התושבים בקצאלטננגו ובחלקים אחרים של מערב אמריקה המרכזית. ויכוחים על ניתוק מגואטמלה החלו זמן קצר לאחר עצמאות מדינות מרכז אמריקה מספרד ב-1821. מדינה נפרדת זו אושרה על ידי האספה החוקתית מנובמבר 1824, אך הייתה התנגדות ניכרת למהלך כזה בגואטמלה סיטי.
עצמאותה של לוס אלטוס מגואטמלה הוכרזה רשמית ב-2 בפברואר1838. הממשלה הפדרלית הכירה בלוס אלטוס כמדינה השישית באיחוד ונציגים של לוס אלטוס השתתפו במושב הקונגרס ב-5 ביוני אותה שנה. הדגל של לוס אלטוס התבסס על דגל האיחוד המרכז אמריקני כאשר הסמל במרכז הדגל היה ציור של ציפור קצאל (ציפור מקומית המסמלת חירות) על רקע הר געש. זה היה הדגל הראשון במרכז אמריקה שכלל את הקצאל כסמל. מ-1871 הוא נוסף גם לדגל גואטמלה.
כשהתפרקה הפדרציה במלחמת אזרחים, הכריזה לוס אלטוס על הקמת רפובליקה עצמאית. קצאלטננגו ורוב לוס אלטוס הוחזרו לגואטמלה בכוח על ידי צבאו של רפאל קררה ב-1840. ב-2 באפריל 1840 הוצאו רוב פקידי הממשלה המקומית להורג באמצעות כתת-יורים לפי פקודותיו של קררה. תוך ניצול המצב המדיני הבלתי ברור סיפחה מקסיקו חלקים מלוס אלטוס וכיום הם אזור מזרח מדינת צ'יאפס.
בשנים 1844, 1848 ו-1849 היו ניסיונות כושלים למרוד ברודנות של קררה שבמהלכם הוכרזה למשך זמן קצר שוב עצמאות לוס אלטוס.
לחבל ארץ זה יש עד היום מאפיינים ייחודיים ו"לוס אלטוס" הוא עדיין הכינוי לאזור בגואטמלה שסביב קצאלטננגו. באופן דומה, החלק המקסיקני של המדינה לשעבר ידוע כ"לוס אלטוס דה צ'יאפס".
