למד בתחילה אצל אביו. בילדותו למד בברלין, ומכאן שמו. לאחר מכן הלך ללמוד בישיבתו של רבי צבי הירש ביאלה (מחבר הספר כוס ישועות) בהלברשטאדט, שם למד את דרך הבקיאות והביקורת.
לאחר מכן עזב את הישיבה, התיישב בברסלוי, ונשא שם לאשה את פרומט (נפטרה בי"ב בסיווןה'תקס"ב), בתו של ר' וולף פיק, שעל שמו נקרא בשם פיק, הרב פיק העדיף שלא לקרא בשם זה, מכיוון שאחד ממשפחתו עזב את הדת[2]. בברסלוי עסק במסחר עורות בשותפות עם גוי, אולם עיקר עסקו היה בלימוד תורה. שם נודע הרב ישעיה כבקיא גדול בכל התורה. על פי המסופר, היה אהוב על כולם, ואף המשכילים כיבדוהו והיו שואלים אותו שאלות (בשל ידיעתו בדקדוקעברי וארמי). גם בתחום ההיסטוריה ידע לשלב את ידיעותיו עם תורתו.
תורה שלו היתה שמסר נפשו עליה כל היום וכל הלילה היתה שיחתו, חמשה ועשרים שנה מיום שמת אחיו הרב הגאון אב"ד דק"ק המבורג זצוק"ל, בלילה לא כבו נרו, ולא הפסיק ממשנתו ביום ובלילה, ולא אכל דבר מן החי כל ימי החול ורק בלילי שבת ויום טוב שכב על מטתו והיה בקי בכל חדרי תורה ש"ס בבלי וירושלמי ברייתא ותוספתא ספרי וספרא היו ערוכים לפניו כברכת השחר לנו
“
– תלמידו רבי רפאל זאב ב"ר בנימן הכהן גינסבערג בהקדמה לספר הפלאה שבערכין
ספר השאילתות, מהדורת דיהרנפורט, 1786, עם פירוש ר' ישעיה פיק ברלין
הוספות למסורת הש"ס (ציוני מקבילות והגהות בתלמוד הבבלי על הגיליון) של הרב יהושע בועז. נדפס לאחר פטירתו החל מדפוס דיהרנפורט ה'תק"ס ואילך
יש סדר למשנה - על המשנהסדר זרעיםוסדר מועד (נדפס במשניות עם ע"ג פירושים). החיבור במקורו נכתב כנראה על כל המשנה (ב'תוספות ראשון לציון' שכתב הוא מפנה לספרו גם בסדרים נוספים), אך אינו מצוי. כתב היד נמצא באוקספורד, על זרעים ומועד בלבד.
מיני תרגומא - על תרגום אונקלוס (חלק ממנו נדפס על ידי חתן חתנו ר' יוסף שקלאוור)
אומר השכחה - כל מאמרי הגמרא שהושמטו בספרי הפוסקים, וברובם גם טעם להשמטתם
כנסת חכמי ישראל - שו"ת ומשא ומתן עם גדולי ישראל (חלק נכבד של כתב היד שרד ותצלומו במכון לתצלומי כתבי היד של הספרייה הלאומית)
תיקון כלי שרת (ש"ס רש"י תוספות) - תיקוני טעויות דפוס בגמרא, ברש"י ובתוספות ותיקוני חילוף שמות תנאים ואמוראים (חלק נכבד מהחיבור שרד, ותצלומו מצוי במכון לתצלומי כתב יד של הספרייה הלאומית[דרוש מקור])
קשות מיושב - על כל "קשיא" שבש"ס[4] (נדפס בשנת ה'תר"ך בידי בנו)
קונטרס שטרי המאוחרין - תירוץ על כל מקום בגמרא רש"י ותוס' שהביאו פסוק או משנה ויכלו להביא ראיה ממקום קדום יותר.
^חיבר ספר "פירוש המילות", עדיין בכתב יד, שמור באוניברסיטת פרנקפורט (ניתן לצפייה והורדה כאן), היה בנו של ר' מרדכי מוכיח (נפטר בי"ט באייר ה'תפ"ט) בן ר' ישעיה אשכנזי. חותנו של ר' מרדכי מוכיח "הגאון מהר"ם ז"ל" היה נכד של ר' אברהם חיים שור, וממשפחת התוספות יום טוב והמהר"ם שיף ראו: 'אבני בית היוצר', דף ל ע"א
^אגרת רשפי קשת - תולדות הגאון כמוהר"ר ישעיהו בערלין ז"ל, ירושתנו, יא, עמ' שכ
^הרשב"ם (בבא בתרא נב:) כותב בשם רבותיו שכל מקום שהסוגיה בגמרא מסתיימת במילה "קשיא" (קשה) - לא נדחית השיטה שעליה קשה, ויש לה תירוץ. ובכל מקום שכתוב "תיובתא" - השיטה נדחית ואין תירוץ. ומסייג הרשב"ם את דבריהם דווקא כאשר הקושיא היא ממקור תנאי. ר' ישעיה בספרו, מתרץ את כל המקומות שנאמר בהם "קשיא".
^פרפרזה על ההגדרה התלמודית "קטן שהגיע לחינוך" (סוכה כ"ח עמוד ב' ועוד), שמשמעותו ילד קטן שהגיע לגיל בו מחנכים אותו במצוות. כאן, לאחר שינוי מילת 'הגיע' ל'הגיה', משמעות המשפט היא: קטן (כינוי ענווה לעצמו) שהגיה את ספר החינוך.
