נולד בשנת התקי"ט בערך באיזמיר לרב שלמה ארדיט. אחיו של הרב רפאל ארדיט. נישא לשרה בת הגביר ר' חיים משה ארדיט, שתמך בו ואפשר לו לשקוד על תלמודו. התבלט כבר בגיל צעיר, וכשהיה בן 15 הספיד את סבו, רבי אהרן אלפנדרי מחבר ספר יד אהרן.
החיד"א התכתב עמו בדברי תורה ומביא מתורתו בכמה מספריו, וכן שלח לו מספריו בתוספת הקדשה, על ספרו שם הגדולים כתב: ”לחמיד רצוף אהבה וחיבה החכם השלם והכולל חתנא דבי נשיאה ורב חסד כמה"ר יצחק ארדיט נר"ו. הרי זה מקטני המנ'ה ומדת קונו יש בו בהגיע תו'ר נאמר בו ריח נחוח. זאת היתה לי תזל כטל אמרתי, אני הצעיר חיד"א ס"ט.”[1] חידושיו מוזכרים גם בספרים אחרים של בני תקופתו.
עלה לארץ ישראל לזמן קצר, אך חזר לאיזמיר ונפטר שם. על מצבתו נכתב: ”חסידא קדישא כמוהר"ר יצחק ארדיט ב"ר שלמה ז"ל, בעל ספר יקר הערך, י"ד תמוז שנת התקע"ב”.
אין להחליף בינו לבין סבו, רבי יצחק ארדיט, (תפ"ד, 1724 - תקל"ח, 1778), שנפטר בירושלים ונטמן בבית הקברות היהודי בהר הזיתים[2].
תקופת חייו של הרב הרב רפאל ארדיט על ציר הזמן
ספרו "יקר הערך"
חיבר את הספר "יקר הערך" על מסכת ערכין (עד דף כא), והספר הושלם עד סוף המסכת על ידי בנו, ר' שלמה, בשם "פחות שבערכין". בסוף הספר נוספו עשרים וחמש דרשות של הרב ארדיט.
הספר נדפס לראשונה בסלוניקי, תקפ"ג, והוא מצוטט לרוב כאחד הספרים החשובים על מסכת זו. מהדורה שנייה מחודשת יצאה לאור על ידי מכון 'עבודה ברורה', ירושלים תשס"ח.