רבים מן המדענים ששירתו ביחידה 731, לרבות מפקדה מסאג'י קיטאנו, המשיכו לקריירות בולטות בתחומי הפוליטיקה, האקדמיה והעסקים. ארצות הברית העניקה חנינה שאיפשרה למדענים שלא לעמוד לדין בתמורה למידע שמסרו על פעילותם.[4]
היחידה עסקה בפיתוח נשק ביולוגי וביצעה ניסויים על אסירים בגחלת, דבר, כולרה, טולרמיה, אבעבועות שחורות, בוטוליזם ומחלות אחרות. בנוסף יחידה 731 הדביקה כפרים שלמים בסין הכבושה במחלות שונות כדי לבדוק את מידת השפעתן בשביל פיתוח נשק. היא החזיקה חיל אוויר קטן ופיזרה מעל כפרים מסוימים פרעושים הנגועים במחלות כגון דברכולרה וטיפוס. לא ידוע על מספרי הקרבנות המדויקים כי לפני הכיבוש הורה מפקד היחידה על השמדה של מסמכים מפלילים, אך היסטוריונים מעריכים את מספר הנפגעים באזור ה-400,000.
