הוא נולד בנירנברג, בנו של ההומניסטיואכים קמרריוס האב (1500–1574). הקשר של קמרריוס הצעיר עם האנשים המפורסמים של האינטליגנציה הגרמנית של שלהי המאה השש-עשרה נוצר כתוצאה מרשת החברים רבי ההשפעה של אביו - כולל פיליפ מלנכתון ויוהאנס קראטו פון קראפטהיים (אנ'). לאחר לימודיו המוקדמים בוויטנברג ולייפציג, קמרריוס פנה לעיסוקים רפואיים בהדרכתו של קראטו. בעקבות קראטו, הוא המשיך ללימודי רפואה באוניברסיטת פדובה לפני שקיבל את הדוקטורט שלו באוניברסיטת בולוניה בשנת 1562. הוא חזר לנירנברג שם הקים את הפרקטיקה הרפואית שלו. בשנת 1592 הקימה מועצת העיר נירנברג את הקולגיום מדיקום (Collegium Medicum, מלטינית "מכללה לרפואה"). קמרריוס שימש כדיקן המכללה לרפואה עד מותו. הוא התכתב עם מדענים בולטים מתקופתו כמו גספר בוהין, קרולוס קלוסיוס (אנ'), תומאס ארסטוס וקונרד גסנר.
עבודתו
אף על פי שהוכשר באסכולה הגלנית הקפדנית לרפואה מבוססת פילוסופיה, קמרריוס הפגין גם את הנטייה הנטורליסטית של גסנר ופייטרו אנדריאה מאטיולי (אנ'). יצירותיו כוללות "הערות על מגפה" (commentariorum de peste), הכולל את המסה "על שיטת השמירה הנכונה וההכרחית מפני הדבקה במזיקים" (נירנברג, 1583), "הגן הרפואי והפילוסופי" (Hortus Medicus et Philosophicus, פרנקפורט 1598), ו"סמלים וסימנים" (Symbola et. Emblemata). בנו לודוויג קמרריוס (אנ') (1573–1651) הוציא לאור מהדורה שלאחר המוות של יצירה זו שהוסיפה "מאה" רביעית של סמלים וסימנים מבעלי חיים ימיים וזוחלים לשלוש ה"מאות" שפורסמו קודם לכן שנלקחו מעשבי תיבול וצמחים, בעלי חיים בעלי ארבע רגליים, עופות וחרקים. יואכים קמרריוס פרסם גם מהדורה פופולרית מאוד של פירושיו של מאטיולי על פדניוס דיוסקורידס (פרנקפורט 1586).