ב-2002 הופיע הארדי בסרט העשירי בסדרת סרטי "מסע בין כוכבים", "מסע בין כוכבים 10: נמסיס" וגילם את דמותו של פרייטור שינזון, הופעה אשר זכתה לביקורות טובות. לאחר מכן שיחק במותחן הפשע האינטנסיבי "לאייר קייק".
ב-2006 היה הארדי מועמד לפרס באפט"א על הופעתו בהפקה הבריטית "Stuart: A Life Backwards".
ב-2008 השתתף הארדי במותחן הפשע הסבוך של גאי ריצ'י "רוקנרולה".
הופיע בתפקיד מייקל פיטרסן בדרמה הביוגרפית "ברונסון". פיטרסן נידון לשבע שנות מאסר, אשר הפכו לשלושים וארבע בגין התפרעויות, חטיפת נשק וכו'. פיטרסן הפך מפושע קטן וחסר משמעות לאסיר הידוע ביותר לשמצה בבריטניה, וכונה "צ'ארלס ברונסון" על שם השחקן בשם זה.
באוקטובר 2014 לוהק הארדי שנית על ידי DC קומיקס לסרט, פעם שנייה לאחר "עלייתו של האביר האפל". הוא נועד לשחק את דמותו של ריק פלאג בסרט "יחידת המתאבדים", אך פרש מהפרויקט והוחלף בשחקן ג'ואל קינמן.
הארדי היה נשוי למפיקה שרה וורד משנת 1999 עד שהתגרשו ב-2004.
בשנת 2005 החל לצאת עם עוזרת הבמאי רייצ'ל ספיד, לאחר שהכירו על הסט של המיני-סדרה "המלכה הבתולה"; נולד להם בן באפריל 2008 לפני שהם נפרדו ב-2009.
באותה שנה, הארדי החל מערכת יחסים עם השחקנית שרלוט ריילי לאחר שנפגשו על הסט של "אנקת גבהים". הם נישאו ביולי 2014. יש להם שני ילדים; הראשון נולד באוקטובר 2015, והשני בדצמבר 2018. היו להם שני כלבי הצלה, מקס ווודסטוק, והארדי הופיע עם וודסטוק בקמפיין PETA לקידום אימוץ חיות מחמד. וודסטוק מת ב-5 ביוני2017 עקב מקרה אגרסיבי של פולימיוזיטיס.
