הארגון הוקם כגוף עצמאי לחלוטין, אך בעקבות הסלמת המלחמה נגד הצבא האמריקני נקלטו בו קצינים רבים מצבא צפון וייטנאם, והחל ביניהם שיתוף פעולה הדוק. הארגון נתמך על ידי ממשלת הצפון, התמקד בלחימה זעירה (גרילה) בתוך דרום וייטנאם, והפעיל תשתית של משתפי פעולה בכפרים. לוחמי הארגון לבשו ביגוד אזרחי ופעלו בקרב האוכלוסייה האזרחית, במטרה להקשות על הצבא האמריקני לאתר אותם ולפגוע בהם.
התחמושת והאספקה ללוחמי הווייטקונג הגיעו מצפון וייטנאם בשיירות שעברו ב"נתיב הו צ'י מין", דרך הג'ונגלים ובשטח קמבודיה. בנוסף לכך נחפרה רשת של מנהרות ברחבי דרום וייטנאם, שבהן התחבאו אנשי הווייטקונג לאחר התקפותיהם.
ב-30 בינואר 1968 השתתפו לוחמי הווייטקונג במתקפת הטט שהובילה צפון וייטנאם, ואשר כללה התקפות גרילה על כל מחוזות דרום וייטנאם.[1]
אחרי נסיגת האמריקנים מסייגון בשנת 1975 וכיבושה בידי הצפון, הארגון שלט בדרום וייטנאם עד לאיחודה הרשמי עם הצפון הקומוניסטי בשנת 1976.
יחידות עיקריות
לוחם וייטקונגי נושא רובה AK-47 (התמונה צולמה במהלך חילוף שבויי מלחמה)
חיל השחרור - הכוח הלוחם העיקרי. אורגן במסגרות גדודיות, והיה חמוש בנשק מתקדם מתוצרת ברית המועצות וסין.
מיליציות מקומיות – יחידות תשתית שפעלו באזורים מוגדרים. חלק מחיילי המיליציות גויסו באופן חלקי לתפקידי משמר, קישור, מודיעין, העברת אספקה ועוד. ביחידות אלה הושם דגש על חינוך פוליטי, ובמסגרתו נערכו כנסים בהם נאמו מפקדי וייטקונג וראשי הארגון.
צבא הפעילים – אזרחים הפעילים בזרוע המדינית בתפקידי גבייה, פיקוח, ארגון וגיוס. כל הפעילים היו חברי המפלגה הקומוניסטית של דרום וייטנאם.
