צ'רני גדל במועדון הנוער של אדמירה ואקר, ובשנת 1990, כאשר היה בן 17, נרכש על ידי באיירן מינכן. בשנתיים הראשונות בבאיירן מינכן שיחק צ'רני רק בקבוצת המילואים, ובעונת 1992/93 הוקפץ לקבוצה הבכירה. באוקטובר 1992 ערך צ'רני את הופעת הבכורה בבונדסליגה, במשחק בו באיירן מינכן נפרדה בתיקו 1-1 מאיינטרכט פרנקפורט. צ'רני ערך באותה עונה 13 הופעות ליגה, והקבוצה סיימה את העונה במקום השני בבונדסליגה, מרחק שתי נקודות מהאלופה, ורדר ברמן. את עונת 1993/94 החל צ'רני בבאיירן מינכן, אך חזר לקראת סיום חלון ההעברות לאדמירה ואקר, שם הציג עונה טובה בה הבקיע שבעה שערים. בתום עונה זו נמכר לפ.צ. טירול האוסטרית, שם עונה וחצי, והבקיע 14 שערי ליגה.
בפגרת החורף של עונת 1995/96 חזר צ'רני למינכן, אך חתם אצל היריבה הגדולה של באיירן מינכן, מינכן 1860. צ'רני שיחק במינכן 1860 במשך 11 עונות וחצי ברציפות. בתחילת ימיו בקבוצה, מינכן 1860 הייתה קבוצת אמצע טבלה, ובתחילת שנות ה-2000 הקבוצה החלה לתפוס מקום בצמרת הבונדסליגה, כאשר עונת השיא של צ'רני ומינכן 1860 הייתה עונת 1999/00, אז סיימה הקבוצה במקום הרביעי בבונדסליגה, כאשר צ'רני מהווה חלק מחוליה התקפית איכותית שכללה גם את תומאס הסלר, מרטין מקס ומרקוס שרוט. גם בשנים הבאות הייתה מינכן 1860 בחלק העליון של הטבלה, אך בעונת 2003/04 נשרו צ'רני ומינכן 1860 אל הבונדסליגה השנייה. לאחר נשירת הקבוצה, צ'רני מיעט לשחק, ובשלוש עונותיו האחרונות בקבוצה ערך 25 הופעות בלבד. בתום עונת 2006/07 הודיע על פרישה ממשחק פעיל. לצ'רני 263 הופעות ליגה במדי מינכן 1860, מתוכן 238 הופעות בבונדסליגה, והוא נחשב לשיאן ההופעות של מינכן 1860 בבונדסליגה בכל הזמנים[1].
קריירה בינלאומית
צ'רני ערך את הופעת הבכורה במדי נבחרת אוסטריה במרץ 1993 במשחק ידידות מול נבחרת יוון. צ'רני השתתף עם נבחרת אוסטריה במונדיאל 1998, בו ערך שתי הופעות. במוקדמות יורו 2000 הבקיע צ'רני צמד בניצחון 3-0 מול נבחרת קפריסין, אך גם היה שותף לתבוסות 9-0 לנבחרת ספרד ו-5-0 לנבחרת ישראל, שבשתיהן שיחק 90 דקות. בשנת 2004 פרש מהנבחרת לאחר שצבר 47 הופעות והבקיע 47 שערים.
קריירת אימון
לאחר פרישתו ממשחק פעיל, אימן צ'רני קבוצות נוער במינכן 1860, ולאחר מכן עבר לאמן קבוצות נוער בבאיירן מינכן.
