לאחר הכישלון היעקוביטי אבדה כל תקווה ריאלית לחזרתו של בית סטיוארט לשלטון. הנרי החליט להצטרף לשורות הכנסייה הקתולית כחשמן למרות רוחו של אחיו צ'ארלס שראה את הצעד הזה כמחליש עוד יותר את מעמדו שלו באנגליה הפרוטסטנטית, בנוסף לכך כמה מתומכיו של צ'ארלס האשימו את הנרי בכך שלא עשה מספיק כדי שהצי הצרפתי יבוא לעזרתו של אחיו במהלך המרד.
הנרי מונה לחשמן ב-1747 ותודות למעמדו החדש בכנסייה הצליח להתעשר במידה רבה ולקנות לעצמו השפעה פוליטית גדולה בתוך הכנסייה. בתוך הכנסייה היה ידוע כחשמן יורק.
כאשר נפטר אחיו ב-31 בינואר1788 הוא הפך לטוען לכתר והיה ידוע כקרב תומכיו כהנרי התשיעי מאנגליה והנרי הראשון מסקוטלנד. בניגוד לאביו ולאחיו הוא לא עשה שום ניסיון פעיל להשיב לעצמו את הכתר. לאחר שנקלע למצוקה כלכלית בעקבות המהפכה הצרפתית, הוא הסכים לקבל קצבה חודשית של 4,000 פאונד מג'ורג' השלישי, מלך הממלכה המאוחדת. הבריטים הציגו את הצעד הזה כמעשה של נדיבות ופיוס בין בית סטיוארט לבית הנובר אולם הנרי ותומכיו ראו בכך לא יותר מהחזרת הנדוניה של סבתו מרי ממודנה.
הנרי היה הנצר האחרון לבית סטיוארט ופטירתו ב-1807 הביאה את הקץ על משפחת המלוכה הזאת.