בוט שיחק כנער ב-VFB אולדנבורג, עלה לקבוצת הבוגרים של המועדון בשנת 1994, וסייע לו להעפיל אל הבונדסליגה השנייה. בשנת 1997 הצטרף להמבורג מהבונדסליגה, שם שיחק ארבע עונות והבקיע 19 פעמים בבעיטת עונשין. במשחק בגביע אופ"א בשנת 2000, הבקיע בוט בפנדל נגד יובנטוס, שער שהיה הראשון מבין שלושה שיבקיע מול יובנטוס בקריירה, בשלוש קבוצות שונות.
באייר לברקוזן
בשנת 2001 עבר בוט לבאייר לברקוזן בהעברה חופשית. בוט שיחק בלברקוזן שש עונות, והבקיע שבעה שערים ב-191 הופעות, כשהוא מחמיץ רק משחק אחד. בשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2002, הבקיע בוט שער בפנדל מול יובנטוס, שהיה השני מבין השלושה שהבקיע נגד יובנטוס בקריירה. באותה עונה, הגיעה באייר לברקוזן לגמר ליגת האלופות, אך הפסידה לריאל מדריד, כשבוט פתח בהרכב.
בשנת 2004 הבקיע בוט שער בפנדל נגד שאלקה 04, ובעת שחגג את השער, חידשו שחקני שאלקה את המשחק, ומייק האנקה הבקיע שער כשבוט עדיין לא הספיק לחזור לשערו.
בנפיקה ליסבון
ביולי 2007 חתם בוט בבנפיקה ליסבון וביטל הארכת חוזה מתוכננת עד 2009, כאשר הבין שבבאייר לברקוזן מייעדים לרנה אדלר את תפקיד השוער הראשון. עם זאת, בוט שותף במשחק ליגה אחד בלבד, ושיחק בעיקר בגביע הפורטוגזי. בוט עזב את בנפיקה ליסבון אחרי עונה אחת בלבד.
באיירן מינכן
בקיץ 2008 חתם בוט על חוזה לשנתיים בבאיירן מינכן בגיל 34. באותו קיץ פרש אוליבר קאן מכדורגל, ואפודת השוער הראשון נמסרה לשוער הצעיר מיכאל רנסינג, כשבוט הוגדר כשוער המשנה. רנסינג ביצע טעויות רבות בעונתו הראשונה בקבוצה, ועד מהרה איבד את מקומו בהרכב לבוט. רנסינג חזר לשער בתחילת עונת 2009/10 אך איבד שוב את מקומו לבוט לאחר מספר טעויות נוספות ובגין פציעה. באותה עונה, הגיעה באיירן מינכן למשחק מכריע מול יובנטוס במחזור האחרון של שלב הבתים בליגת האלופות. באיירן מינכן הייתה חייבת לנצח את יובנטוס במשחק חוץ בסטאדיו אולימפיקו, ונקלעה לפיגור כאשר דויד טרזגה העלה את יובנטוס ליתרון, אך בוט השווה בפנדל את התוצאה בשערו השלישי מתוך שלושה נגד יובנטוס בקריירה, ובאיירן מינכן ניצחה לבסוף 4-1 ועלתה לשמינית הגמר. בתום עונה זו הגיעה באיירן מינכן לגמר ליגת האלופות, והפסידה לאינטר מילאנו, כאשר לבוט זו הייתה הפעם השנייה בקריירה בה הוא מפסיד בגמר ליגת האלופות.
בעונת 2010/11 בוט איבד את מקומו הקבוע בהרכב לתומאס קראפט, אך האריך את חוזהו בעונה נוספת, כאשר ידע שהוא אמור להיות שוער מחליף לרכש החדש משאלקה 04, מנואל נוייר.
בתום עונת 2012 פרש בוט ממשחק פעיל בגיל 38, במשחק פרידה חגיגי של באיירן מינכן מול נבחרת הולנד, בו שימש כקפטן.
