הכוח המשטרתי המודרני הוקם ב־19 ביולי 1921, כאשר הפרלמנט, הח'וראל, הורה על הקמת "מיליציה מונעת" ככוח משטרה עיקרי. פקודה זו הגיעה ימים לאחר המהפכה המונגולית בשנת 1921 בה הכריזו המהפכנים במונגוליה החיצונית על הקמת הרפובליקה העממית המונגולית.
בשנים 1934 - 1940 הוקמו מחלקות ייעודיות ברחבי המדינה. משנת 1940 עד 1960 הנהיגה הפרקליטות גוף לאכיפת חוק ואכיפת החוקה החדשה של מונגוליה, החוק הפלילי וסדר הדין הפלילי. בשנות השישים הורחב מבנה וארגון המשטרה ובשנת 1965 הוקם מוסד נפרד מהפרקליטות. לרגל חגיגות 50 שנה להקמת המשטרה, הוקם המכון הצבאי - 14 ביולי 1984. בהמשך המכון הפך לאוניברסיטה לאכיפת החוק במונגוליה.
מאז הקמתה ועד שנות התשעים הייתה הסוכנות בפיקוד משותף של משרד הפנים והמשרד לביטחון פנים. כתוצאה מהשינויים הפוליטיים והמהפכניים וכלכלת השוק בשנות התשעים, המשטרה עברה שינוי דרסטי והוקמה מחדש כסוכנות המשטרה הלאומית של ממשלת מונגוליה וקיבלה את המשימה להילחם בפשע ולשמור על הבטיחות על בסיס לאומי באמצעות מחלקות משטרה. בשנת 1993 אישר הפרלמנט את "חוק המשטרה" כדי לבסס בסיס משפטי לאכיפת החוק.[2][3][4]
ארגון
בראש המשטרה עומד נציב כללי בסיוע כמה סגנים, כאשר בכיר הסגנים הוא הסגן הראשון לנציב כללי.
ישנן גם 10 מחלקות הנמצאות בכפיפות לסגן הנציב הכללי כדוגמת:[5][6]
מינהל
כספים ולוגיסטיקה
משטרה פלילית
חקירות
תשאול
משטרת תנועה
מחקר מידע
סדר ציבורי
אגף תקשורת
האקדמיה לשוטרים
מתחת למבנה המרכזי ישנן מחלקות וחטיבות משטרה ב-21 המחוזות ובעיר הבירה, כל חטיבה מחולקת עוד יותר למחלקות, יחידות ומדורים.[5]