מועדון הכדוריד המבורג הוקם בשנת 1999 בשם "לובק" לאחר איחוד עם קבוצת באד שטראוק. בשנת 2002 האיחוד הסתיים, והמבורג הפכה להיות עצמאית בשמה הרגיל.
האיש הכי חשוב בקבוצה היה הנשיא שלה, אנדראס רודולף, שמילא תפקידו בשנים 2005–2011.
שם
למטרת שיווק, ב-2002, נחתם חוזה עם קבוצת הכדורגל והאגודה של המבורג. בהתחלה רבים לא ידעו שהקבוצה שייכת לאגודת המבורג בכדורגל, אך לאחר מכן, עם שינוי סמל הקבוצה, הקשר הובן. רבים קוראים לקבוצה O2 המבורג, בעקבות שם האולם של הקבוצה.
הליגה הגרמנית בכדוריד
בעונתה הראשונה של הקבוצה, 2002/2003, הצליחה הקבוצה להגיע למקום השמיני בליגה. עונה לאחר מכן, בעונת 2003/2004, הצליחה הקבוצה להגיע למקום החמישי בליגה, ולהגיע לגמר הגביע. בעונת 2004/2005 אכזבה המבורג והגיעה רק למקום התשיעי. בעונת 2006, הקבוצה סיימה במקום העשירי, אבל זכתה בגביע הגרמני וגם בסופר קאפ. שנה לאחר מכן, ב-2007, זכתה בגביע המחזיקות האירופי והייתה סגנית הליגה הגרמנית ואף הגיעה לחצי גמר הגביע. ב-2008, הגיעה לגמר הגביע הגרמני וסיימה כסגנית. באותה עונה הגיעה הקבוצה לחצי גמר ליגת האלופות. ב-2009, סיימה הקבוצה את העונה שוב כסגניתה של קיל, ושוב הגיעה לחצי גמר ליגת האלופות. ב-2010, זכתה בגביע גרמניה ושוב סיימה במקום השני בליגה הגרמנית. אולם בעונת 2011, לקחה הקבוצה לראשונה בתולדותיה את תואר האליפות, 3 ימים לפני המשחק האחרון בעונה.
בעונת 2010/2011 אנדראס רודולף, שהיה נשיא המועדון בשנים 2005–2011, התפטר. מחליפו היה מרטין שוואלב שמשמש כמנכ"ל וכנשיא הקבוצה. בעונת 2011/2012, מונה המאמן ג'נס האוסלר שהיה בעבר מאמן הנבחרת הצעירה בגרמניה, למאמן הקבוצה.