במהלך המאה ה-4 לפני הספירה האיים שולבו ממוקדון ולאחר התפרקותה סופחו על ידי הרפובליקה הרומית בשנת 146 לפני הספירה. בהמשך הם הועברו לשליטה של האימפריה הביזנטית. לאחר שאימפריה זו נחלשה, האיים עברו לשליטה של הרפובליקה של ונציה בשנת 1204. הם היו השטח היחיד בו אוכלוסייה יוונית לא הייתה בשליטת האימפריה העות'מאנית. בתקופה זו חלק משמעותי של אוכלסייה עבר לקתוליות.
במהלך מלחמת העולם השנייה, לאחר כיבוש יוון, השליטה באיים עברה לאיטליה. בשנת 1943 הנאצים גרשו את האיטלקים. במהלך זה יחידה גרמנית בפיקוד של אלפרד סטארק ביצע טבח ב - 117 חיילים איטלקים. ביוני 1944 כ-2000 יהודים באי קורפו גורשו ורק בודדים הצליחו לשרוד.