בהשתתפותו הראשונה שלו עם הנבחרת בגביע העולם בכדורגל חופים לשנת 2009, סטנקוביץ' הגיע עם הנבחרת למקום השלישי. בטורניר זה, הוא זכה בכדור הזהב (השחקן הטוב ביותר של הטורניר) ובנעל הזהב (מלך השערים הטורניר) עם 16 שערים.
כמו רבים משחקני כדורגל החופים הבכירים בעולם, סטנקוביץ' שיחק עבור המון קבוצות במדינות שונות. חלק מהקבוצות שבהן שיחק הן גראסהופרס (שווייץ), טרנובה טראצ'ינה, קטניה, מילאנו וויארג'יו (איטליה), לוקומוטיב מוסקבה, ספרטק מוסקבה וקריסטל (רוסיה), ברצלונה (ספרד), גרמבאך לודז' (פולין), וויביר וארתור מיוזיק (אוקראינה) ואלניהספור (טורקיה), הן במסגרת הליגות והן במסגרת תחרויות בינלאומיות.
