פלין כתב ספרים בתחומי מחקר מגוונים, שכללו חקר ודיון באידאולוגיות, פילוסופיה פוליטית, גזע, מעמד, אינטליגנציה ומנת משכל.[2] ספריו שילבו פילוסופיה פוליטית ומוסרית עם פסיכולוגיה לבחינת בעיות כגון האם ניתן וראוי לדרג גזעים ומעמדות על פי מנת משכל. היה חבר מערכת במספר כתבי עת מדעיים[3] בנושאי אינטליגנציה ופסיכולוגיה.
מאמרו מ-1999 סיכם חלק גדול ממחקרו בנושא הפער בין ציוני מנת משכל אצל אמריקאים ממוצא אירופי ואפריקאי, והניסיונות להסבירו באמצעות תורשה או סביבה. פלין פירש את הראיות, ובייחוד את תגליתו בדבר העלייה בציונים של "שחורים" ושל "לבנים" כאחת בעשרות השנים האחרונות, כעדות לעוצמתם של גורמים סביבתיים לפער.
Flynn, James R. (1998). "IQ Gains over Time: Toward Finding the Causes". In Neisser, Ulric (ed.). The Rising Curve: Long-Term Gains in IQ and Related Measures. Washington (DC): האגודה האמריקנית לפסיכולוגיה. pp. 25–66. ISBN978-1-55798-503-3.
Flynn, James R. (2000). "IQ Gains, WISC Subtests and Fluid g: g Theory and the Relevance of Spearman's Hypothesis to Race". In Bock, Gregory; Goode, Jamie; Webb, Kate (eds.). The Nature of Intelligence (Novartis Foundation Symposium 233). Chichester: Wiley. pp. 202–227. ISBN978-0471494348.
Flynn, James R. (2000). "IQ Trends over Time: Intelligence, Race, and Meritocracy". In Arrow, Kenneth; Bowles, Samuel; Durlauf, Steven (eds.). Meritocracy and Economic Inequality. Princeton (NJ): Princeton University Press. pp. 35&–60. ISBN978-0-691-00468-6.
Where Have All the Liberals Gone?: Race, Class, and Ideals in America. Cambridge, UK and New York: Cambridge University Press. 2008. ISBN978-0-521-49431-1.
The Torchlight List: Around the World in 200 Books. New Zealand: Awa Press. 2010. ISBN978-0-9582916-9-9.
^Neisser, Ulric, ed. (1998). The Rising Curve: Long-Term Gains in IQ and Related Measures. APA Science Volume Series. Washington (DC): האגודה האמריקנית לפסיכולוגיה. ISBN978-1-55798-503-3. This review of contemporary research includes chapters by Ulric Neisser, James R. Flynn, Carmi Schooler, Patricia M. Greenfield, Wendy M. Williams, Marian Sigman, Shannon E. Whaley, Reynaldo Martorell, Richard Lynn, Robert M. Hauser, David W. Grissmer, Stephanie Williamson, Sheila Nataraj Kirby, Mark Berends, Stephen J. Ceci, Tina B. Rosenblum, Matthew Kumpf, Min-Hsiung Huang, Irwin D. Waldman, Samuel H. Preston, and John C. Loehlin.