לארסון נולד לנאנט (לבית נוטריוס) ולאלן לארסון בווייט פליינס, ניו יורק, ב--4 בפברואר1960. משפחתו הייתה יהודית. סבו, ברנרד אייזק לזרסון, היה יליד-רוסיה ושינה את שם משפחתם המקורי ללארסון.
לארסון סיים את לימודיו בבית הספר התיכון ב-1978. שם היה פעיל בהפקות דרמטיות ומוזיקליות. הוא למד באוניברסיטת אדלפי בגן סיטי, ניו יורק, עם מלגה לארבע שנים כמנהל משחק, בנוסף להצגות רבות ובתיאטרון מוזיקלי. במהלך שנותיו בקולג', הוא החל להלחין מוזיקה. תחילה להפקות סטודנטים קטנות, הנקראות קברטים, ולאחר מכן את הפרטיטורה למחזמר בשם: ספר האהבה הטובה (Libro de Buen Amor), שנכתב על ידי ראש המחלקה, ז'אק בורדיק. בורדיק שימש כמנטור של לארסון במהלך לימודיו בקולג'. לאחר שסיים את לימודיו עם תואר ראשון באמנויות יפות, לארסון השתתף בתוכנית תיאטרון קיץ בתיאטרון אסם באוגוסטה, מישיגן, כנגן פסנתר, מה שהביא לכך שהוא זכה בכרטיס הון עבור חברות באיגוד ההון של השחקנים.
לארסון עבר ללופט בקומה החמישית של בניין בפינת רחוב גריניץ' ורחוב ספרינג במנהטן התחתונה, שם התגורר עם שותפים שונים לדירה, ביניהם גרג בילס, עיתונאי במגזין ניוזוויק ואחיה של השחקנית ג'ניפר בילס וג'יימס קלוני, כיום מנהל קריאייטיב בסוכנות הפרסום BBDO. במשך תשע שנים וחצי לארסון עבד כמלצר ב-Moondance Diner בסופי שבוע ועבד על הלחנה וכתיבת מחזות זמר במהלך השבוע. בדיינר לארסון פגש את ג'סי ל. מרטין, שהיה חניך הממתין שלו ואחר כך ימלא את התפקיד של טום קולינס בקאסט המקורי של רנט. לארסון ושותפיו לדירה חיו בתנאים קשים עם מעט כסף או רכוש.
המחזמר "רנט" הוצג בברודוויי בתיאטרון נדרלנדר מהבכורה שלו באפריל 1996 ועד 7 בספטמבר 2008. זהו המופע ה-11 הארוך ביותר בהיסטוריה של ברודוויי. רנט הוצג ברחבי ארצות הברית, קנדה, ברזיל, יפן, בריטניה, אוסטרליה, סין, סינגפור, הפיליפינים, מקסיקו, גרמניה, פולין וברחבי אירופה, כמו גם במקומות נוספים. עיבוד קולנועי לרנט שוחרר בשנת 2005.
הוא סבל מכאבים בחזה, סחרחורת וקוצר נשימה במשך מספר ימים שקדמו לפטירתו, אולם הרופאים במרכז הרפואי קבריני ובבית החולים סנט וינסנט לא הצליחו למצוא סימנים של התקף לב, גם לאחר שלארסון עשה צילום חזה ואק"ג, ולכן הם אבחנו אותו כחולה שפעת או כסובל ממתח נפשי.[1]
מורשת
אף לאחר פטירתו של לארסון, מופעו זוכה הפרסים "רנט" זכה למספר הפקות מסביב לעולם ואף לגרסה קולנועית.
לאחר פטירתו של לארסון, משפחתו וחבריו של לארסון הקימו את קרן ג'ונתן לארסון לאמנויות הבמה כדי לספק מלגות כספיות לאמנים, במיוחד למלחיני תיאטרון מוזיקלי ולכותבים, כדי לתמוך בעבודתם היצירתית. מענקי ג'ונתן לארסון מנוהלים כעת על ידי אגף התיאטרון האמריקני, הודות למענק הממומן על ידי הקרן ומשפחת לארסון.
עבודתו של לרסון ניתנה לספריית הקונגרס בוושינגטון הבירה, בדצמבר 2003. אוסף ג'ונתן לארסון הוא תוספת חדשה לאחזקותיו העיקריות בתחום התיאטרון המוזיקלי. האוסף מתעד את התפוקה הפורה להפליא של לארסון, כולל מחזות זמר רבים, רוויו, קברטים, שירי פופ, פרויקטים של ריקוד וידאו - גם בהפקה וגם ללא הפקה.