בית הספר ללוחמה נגד גרילה (מכונה גם: בית הספר ללוחמה במתחם כפרי) הוא חלק מבא"פ אליקים, באזור הצפון ברמות מנשה ממערב ליקנעם ובקרבת המושבאליקים.
בית הספר ללוחמת גרילה קם בשנת 1997 כתוצאה מהחלטת של הרמטכ"ל דאז, אמנון ליפקין-שחק, אשר שינה את דפוס החשיבה הצה"לי כלפי הלחימה בלבנון[1] וקבע כי יש לראות בחזבאללה ארגון טרור וגרילה ולפעול כנגדו בהתאם[2]. בתפיסה זו תמך גם אלוף פיקוד הצפון דאז, עמירם לוין. בשל כך הורה שחק להקים מחדש את יחידת אגוז כיחידה ייעודית למלחמה בלבנון[3] והוחלט להקים גוף האמון על הכשרת לוחמי החי"ר והיחידות המיוחדות ללחימה כנגד ארגון החזבאללה במתארי לוחמת הסבך והלוחמה ההררית של לבנון. הקמת בית הספר הוטלה על אל"םשמואל זכאי, איש חטיבת גולני, אשר עבר השתלמות בצבא בריטניה, ולמד באופן יסודי על הגוף המכשיר בצבא זה את היחידות העתידות להישלח לתעסוקה מבצעית בצפון אירלנד ולפעול כנגד המחתרת האירית. עם שובו ארצה הקים זכאי בשנת 1997 את בית הספר ללוחמת גרילה[4]. לאחר הנסיגה מלבנון בשנת 2000 נסגר בית הספר ומדריכיו נקלטו כחיילי מילואים בעוצבת הגליל והיו אמונים על הכשרת לוחמי האוגדה ללחימה אפשרית בלבנון. בשנת 2004 תחת פיקודו של אל"ם יואלי אור, מפקד בא"פ צפון, החל הקמתו של בית הספר לגרילה מחדש; והוקמו בו מדורי הכשרה בתחומי הלוחמה זעירה, הסוואה, לוחמת סבך ואימונים ייחודיים לתוואי הלחימה בגזרת הצפון (מדור אוה״ס- אימונים והסוואה). גדודי חי״ר ויחידות שעלו לביצוע קו או משימה בגזרת הגבול עם לבנון עברה הכשרה ואימונים בתחום האיומים הקיימים, יכולות חזבאללה ודרכי פעולתם בגזרה, ותו״ל המוצבים ותפישת ההפעלה בשרשרת המוצבים על הגבול. כמו כן חלקן עברו הכשרות ספציפיות בתחום שימוש בהסוואה ולוחמת גרילה ( לוחמת סבל ובולדרים). לאחר מלחמת לבנון השנייה הוקם בית הספר מחדש באופן רשמי ומלא על כל מדוריו. בנוסף, חטיבות בחיל הרגלים וגדודי חיל ההנדסה וגם פלוגות החי״ר של שריון מתאמנות רבות בבסיס זה.
