בית החולים, שפועל מאז 1882, נוסד על ידי חברת המיסיון של הכנסייה האנגליקנית. בשנת 1910 אושפזו בבית החולים 594 מטופלים ובמרפאה קיבלו יותר מ-25,000 איש טיפול.[4] בשנת 1911 היו בבית החולים כ-50 מיטות, בית מרקחת ומרפאה עם 2–3 רופאים, והוא היה המוסד הרפואי היחידי בעיר.[5] מאוחר יותר נוהל בית החולים בין 1954 ל-1982 על ידי הנציגות הרפואית של הכנסייה הבפטיסטית הדרומית, אז נודע כבית החולים אל-מעמדאני (בערבית: المستشفى المعمداني). מאז 1980 מנוהל בית החולים על ידי הכנסייה האפיסקופלית בירושלים (אנ'),[2] והוא נתמך על ידי ארגוני צדקה בין-לאומיים כגון Embrace the Middle East.[6]
בשנת 1977 היו בבית החולים 75 מיטות אשפוז. בשנים 1982–1988 היו בבית החולים 54–60 מיטות אשפוז.[7] כן היו בבית החולים מעבדה, מכון רנטגן, בית מרקחת, מרפאת עיניים, מרפאת שיניים, מכון פיזיותרפיה, מרפאה למחלות נשימה, מחלקת יולדות וחדר מיון.[8] מספר מיטות האשפוז עלה בשנת 1989 ל-67 ובשנת 1991 הגיע ל-80. בשנת 2000 היו בבית החולים 70 מיטות אשפוז.[9]
בגלל היותו בית חולים פרטי, שלא הייתה בו עמדת אבטחה של צה"ל, רוב פצועי האינתיפאדה הראשונה ברצועת עזה הגיעו אליו לקבלת טיפול רפואי. בין דצמבר 1987 לפברואר 1989 קיבלו בבית החולים 3,199 פצועי האינתיפאדה טיפול. בית החולים אל-אהלי גם נחשב לנקי יותר ומצויד יותר מבתי החולים האחרים ברצועה.[7]
על פי דיווח מבית החולים שלא אושש על ידי מקורות אחרים,[10] נטען ב-14 באוקטובר2023 נפגע המרכז לטיפול בסרטן של בית החולים מהפצצות, כשארבעה אנשי צוות נפצעו ונגרם נזק קשה לשתיים מהקומות העליונות שלו. מחלקות הממוגרפיה והאולטרה סאונד של בית החולים נפגעו בצורה הקשה ביותר.[11][12]
