בשנת 1854 הגיע לירושלים לאחר שנבחר על ידי הפאשה לשמש כיועץ לעבודות השיפוצים על הר הבית. בנוסף לקח חלק, כמהנדס, במפעלי בנייה שונים שנעשו אז בעיר, כגון ההוספיס האוסטרי סמוך לוויה דולורוזה; בדק הבית שנעשה בכנסיית סנטה אנה; בניית מנזר האחיות ציון; ובניית מבנים לשירות עולי הרגל הרוסיים. סוראיה פשה, מושל ירושלים העות'מאני, מינה אותו לתפקיד מהנדס העיר ירושלים. בתפקיד זה טיפל, בין היתר, במערכת המים העירונית. תפקיד זה פתח בפניו מקומות שהיו סגורים לחוקרים מערביים, ובעיקר אלה של הר הבית ומסגדיו, שם גם עלה בידו לצלם לראשונה, בעזרתו של הצלםמנדל ג'ון דינס.
אחד המבנים שפיירוטי היה קשור בבנייתו, ועל כן גם בחפירות האתר לצורכי הבנייה, הוא מנזר האחיות ציון. פיירוטי עשוי אפוא להימנות עם חבורת הארכאולוגים לפי אמות המידה של אמצע המאה הקודמת. באתר זה הייתה מצויה הקשת הידועה בשמה המסורתי "קשת אקה הומו". חפירת השטח חשפה חלקים נוספים של המבנה, ונתברר כי מדובר בשער בעל שלוש קשתות, שהשתמר באופן טוב למדי. למרות המסורת הדתית הנוצרית הקשורה במקום זה, קבע פיירוטי נכונה כי השער מן התקופה הרומית, מאוחר בהרבה מן האירוע בתולדות הנצרות שהוא מיוחס לו.
משפרסם את ספרו המונומנטלי "ירושלים הנחקרת", נטען כלפיו כי המידע שפורסם על-ידו, ובעיקר תוכניותיו ותצלומיו, ובעקבותיהם מסקנותיו המדעיות, הם בבחינת גנבה ספרותית. המחלוקת התגלגלה אל בתי המשפט בלונדון. גרוב ופרגוסון יצאו לאירופה לחפש נתונים אודותיו. בארכיון בפריז נמצא מסמך הקשור בממלכת סרדיניה שהייתה קשורה בברית עם נפוליון השלישי, ועל פי המסמך נמצא קפטן פיירוטי בשנת 1849 אשם במעילה בכספי יחידתו הצבאית, וכעונש הורד מדרגתו וגורש לצמיתות מארץ מולדתו. המסמך שנמצא על ידם פורסם ברבים, כתוצאה מכך נעלם פיירוטי מירושלים, באופן פתאומי בדומה להופעתו הפתאומית כעשור שנים קודם לכן.
בספרו "מנהגים ומסורות בארץ ישראל", עורך פיירוטי השוואה בין מנהגיהם של "העברים הקדומים" ושל יהודי ארץ ישראל בתקופת בית שני והתלמוד, לבין מנהגיהם של תושבי הארץ הערבים בתקופתו, תוך שהוא משתדל למצוא נקודות דמיון רבות ביניהם. בתיאורו את מנהגי הרחצה, אומר פיירוטי על יהודי ארץ ישראל בני זמנו, כי הם "תאבי בצע וקמצנים מכדי לשלם את דמי הכניסה לבית המרחץ".[2]
לא ידוע הרבה על פיארוטי בארופה לאחר עזיבתו את הארץ. לאחר תקופת שהייתו בלונדון הוא נכח בפריז ב־1864, ובין השנים 1868–1880 נראה בשווייץ. הוא נפטר בשנות השמונים של המאה התשע עשרה.[3]
לקריאה נוספת
N.A. Silberman, Digging for God and Country, New York, 1982, pp. 73-78, 209-210
Ermete Pierotti, Jerusalem Explored, being a Description of the Ancient and Modern City, London, 1864, pp. 60-63, 140-141, Pls. XII_XIII
Ermete Pierotti, Customs and traditions of Palestine: illustrating the manners of the ancient Hebrew, Cambridge, 1864