אפרים ליפשיץ נולד בסטולין, פולין, בשנת 1909 למשפחה דתית בת 12 ילדים. ליפשיץ למד ב"חדר" ובבית הספר "תרבות". לאחר סיום לימודיו היה ליפשיץ פעיל במסגרות ציוניות בעיירה ופעל כצייר אוטודידקט. בין השנים 1933–1935 שהה בפריז, צרפת. בשנת 1935 עלה לארץ ישראל והתיישב בתל אביב. הוא עבד בבניין ובתיאטרון "האוהל". בשנת 1937 הצטרף לארגון "ההגנה". בתקופת מלחמת השחרור אף גויס לצה"ל מטעם מחתרת ההגנה. בשנת 1944 למד ציור אצל אהרון אבני ובין השנים 1945–1948 למד ציור בסטודיו של יחזקאל שטרייכמן ואביגדור סטימצקי בתל אביב.
בשנת 1951 נמנה ליפשיץ על מקימי "קבוצת העשרה" והציג בכל תערוכותיה. בין השנים 1952–1974 עבד בבנק הפועלים. בשנת 1953 נמנה עם מייסדי כפר האמנים בעין הוד ובשנת 1970 הצטרף כחבר לקריית האמנים בצפת ואף כיהן כיו"ר הקריה. בשנת 1964 הציג ביחד עם קבוצת "תצפית". בין השנים 1970–1980 היה חבר בקבוצת רוסטרום.
יצירותו המוקדמת של ליפשיץ, לפני עלייתו לארץ ישראל, לא נשתמרה. היא הכילה עבודות דקורטיביות, תפאורות, ציורי אקוורל פיגורטיביים ועוד. לאחר עלייתו שינה ליפשיץ את סגנון ציורו, שהפך לאקספרסיבי, בהשפעת יצירות "אסכולת פריז". במהלך שנות ה-50 של המאה ה-20 ניכרת ביצירותיו השפעת קבוצת אופקים חדשים. יצירותיו הכילו תיאורי נוף ותפנים העשויים במשיכות מכחול חופשיות, בשימוש בקווי קונטור ובשימוש בצורות דקורטיביות. סדרת הציורים "עין גדי", משנות השישים של המאה ה-20, עשויה כהפשטה של הטבע העשויה בעזרת רשת של קווים צבעוניים. בסוף שנות ה-90, בעקבות תאונת דרכים, עבר לציור בגירי פסטל.
במסגרת מיזם הנצחת אמנים ואנשי במה של עיריית תל אביב, נקבעה לוחית זיכרון על ביתו של אפרים ליפשיץ ברחוב ארלוזורוב 8 פינת אדוארד ברנשטיין 21 בתל אביב.
לימודים
1944 - הסטודיו של אהרון אבני, תל אביב
1948-1945 - הסטודיה, תל אביב
1952-1951 - השתלמות בבית הספר לאמנות גראנד שומייר, פריז, צרפת.